请问，我这个土地证合法吗？

你好 我想咨询个事请  
  我爸爸在2003年被人家以招商引资的名义 引去投资办厂 因为那个村有两个倒闭的工厂， 这两个厂在9几年已从原来的集体土地转变为国有土地，但没有办土地证，接着我爸买下了准备办厂，但因不好卖给个人，所以就在2003年8月份办了个个人独资企业，将营业执照交给村里面 让他们办好土地证和房产证，一切费用我们来出，只要他们能把证办好，如果他们办不到证 我们就不打算办这个厂。
  2003年10份土地证办好，04年2月份房产证办好，6月份正式投产，一直都很顺利，直到今年4月份因老板姓闹事，市政府发告知书说要撤销我厂的土地证书，理由是：说我们以非法手段骗取土地登记，获取证书。因为在国土局的的档案里面 有一份以我爸工厂的公章和村里面签订的98年的协议，但我爸的工厂明明是2003年才注册的我老爸也不知道这个事，因为当时这个营业执照是交到村里面的，连公章和私章都是村里面帮刻的，我们只是负责交取一切费用他们把证办好就行。这几天国土局又发告知书，要收回我们非法法占有的土地，请问我这个土地证能保的住吗？如果不行的话，我们该如何通过法律的途径来维护我的合法权益。