俩个同案犯在没有特殊情况下为什么要分开审判

情况是 
    我们是普通老百姓，没有官场背景。亲戚在机关任职期间犯了错误，属于俩个人同案，同案另一位是单位有行政权领导级别的，而我们只是单位一名普通办事员（当时是合同工，不是国家行使职权的组织中从事公务的人员），在听从领导（同案）安排参与违规为他人办理（修改）了相关手续，整个操作流程所有（修改）手续都是经过领导审核审批签字后生效，最后被认定造成国家税费流失将近上百万元。 
    检察院审查结果：同案犯在受贿金钱3万的情况下违规行使职权为他人审批办理（修改）手续，致使他人从中牟利金钱上百万，法院判处有期徒刑3年零6个月。而另一位只是普通办事员（其权限仅是负责接收.整理打印.传递文件等基本工作）没有任何利益与好处的驱使，而且不知后果有多大严重的情况下做了一些必须做的文件整理工作，法院以违规操作.超越职权.构成犯滥用职权罪且情节特别严重判处有期徒刑3年，显然所有责任都在他，犯错固然要惩罚，但是要视情节轻重.主次之分法院这样判对我们弱势群体太不公平了。 
    当然检察院审查时口供被人误导，律师所题几条意见一条都没有采纳，问题是为什么俩同案犯要分开审判。我们是弱势群体，即使当中有.......，根本也无处伸冤。我们上诉中级人民法院能否讨回公道？请有能人之士为我们站出来指点指点。谢谢！谢谢！谢谢！
    还有一个不明白问题是 判决书里有一段落是 法院以：在工作操作过程中（当时还只是合同工）办事员是所谓的属于“在受国家机关委托代表国家机关行使职权的组织中从事公务的人员”，符合渎职罪的主体要件，因此才构成定滥用职权罪，我请问律师整个事件如果双方是属于委托方式是不是要明确的签订（委托书）行为才能具有法律效力？