关于非婚生育的问题

你好，我叫何德权，老家重庆万州。由于在2003年上大学时将户口转到了学校所在地哈尔滨，2007年毕业欲迁回原籍。在2007年10月时到万州区白土派出所去申请开户口准迁证名，准备将户口迁回我们乡所属的凤仪居委会，由原来的农村户口变为非农业集体户口。
派出所户籍管理处人员告诉我，三个月准迁证能审批下来，我一直催促，但无果。2008年4月我与女友准备去领结婚证，再次向派出所催促户口准迁证的事，说无法，也不让我再次申请。没法领取结婚证，还是回老家按风俗宴请了亲朋以示见证结婚。2008年7月我爱人怀上了孩子，2009年4月在重庆一家医院出生了一男孩，有住院证明和小孩的接生证明，没出生证。我1986年7月出生，爱人1982年11月出生。
在2009年12月，我再次询问派出所户口准迁证的事，却说已经批下来了。于是我快递到哈尔滨托人取了户口页，2010年2月落户并补领了结婚证。可小孩户口上不了，计生办让交6000元的社会抚养费！逢人口大普查，当地计生办罚款必交之后才会通知派出所上户！
本是农村人，老婆没工作，父母务农，毕业三年要养家养小孩，经济有些紧张。结婚登记（包括农村形式）和生小孩年龄是合法的，只是我也觉得计生办在处理这事上政策法规有些不妥。请麻烦你给我点法律指点和解决建议！