运输合同纠纷

您好，我司2012年4月通过一国际快递公司走了250公斤的样品，当时对方电话报价5000元。寄出后，在次月账单2012年5月，对方按20000多计算。我司提出异议。对方说因为我们没有提供单号所以他们没在系统中录入优惠价格，我们必须按2万多支持。我司不同意。到了12年10月又收到同样的账单。我司不同意支付。同年12月7日我司进行公司内部结算，把应付的5000多支付给对方，对方也开了相应的发票给我们。12/17收到对方催款通知说我司欠15000。我司回复该付的已付，不该付的我们不会付。2013年1月收到对方律师函，要求我司于13年1月21日付清，我司没有理睬。一直到2014年8月收到法院传票。

麻烦问一下，1、这个是否过了诉讼时效。2、我司付了5000多，对方也开了发票，是否说明对方已认可此次业务收入。3、同年2月我司走50公斤的货到同一国家单价为27元/公斤，到了4月，250KGS费用高达80多/公斤。这明显不合理。这是不是侵害了消费者的选择权，知情权。是否违反了消法第十条 消费者享有公平交易的权利，是否违反了消法。经营者向消费者提供商品或者服务，应当恪守社会公德，诚信经营，保障消费者的合法权益；不得设定不公平、不合理的交易条件，不得强制交易。