农民土地能否按实际拥有情况登记不动产

您好！我父亲是江苏南京市溧水区的一名农民，今年我们这里启动农民不动产登记。由于历史原因我们村的实际耕地面积比集体登记面积要大得多，所以95年土地再分配时大家平均分土地时还是根据实际面积分，登记时又是根据登记总面积的平均数登记在册的。
    这样就造成了每家所有土地实际面积大于登记在册面积。以前因为是农民自己耕种，所以大家都没在意。现在将土地集体转租了，大队也重新测量了各家土地实际面积并根据实际面积分配每年的租金。以我家为例，我家土地证上6亩地，实际测量后有8.5亩地。
    我的问题是：今年国家实行农民不动产登记，大队在登记时还是登记的土地证上的面积，这是否合规？我能否申请根据实际面积登记？
   另外，今年大队将全村土地转租给一公司栽树，只要农民签字却不肯给农民任何凭证，说是大队登记就行了，会每年将租金打到各家账户，确实也是这么做的。我常年工作在外，今天回家才知道这些事，担心以后会有变化，能否要求大队必须给予证明材料。
    谢谢！