关于经济适用房的问题

我想以个人名义申请一居为的就是缓解爸妈夫妻矛盾，让两人分开住。目前我父亲提出他要以夫妻名义申请二居，我妈不肯。因为十年两人经济分开，我妈大病，夫妻共有财产都被父亲转移。在两人没有分开吃之前，经济大权全都父亲独揽。他要求申请怕以后还有什么其他的目的。

目前我妈靠退休金生活。我跟随我母亲一起。父亲在夫妻扶养上没有尽到一个丈夫的责任。对我也不管不问。

现在问题是：
1.我想一个人申请经适房，想让他出房屋全款。然后申请成功后让他搬过去住，这里户口迁出。我该立个什么协议，怎么规避掉付款和新房子户口的风险。（新房子户口怕他迁过去以后他再把别人的户口也迁进来）
2.如果两人离婚，怎么可以保障我妈的利益最大化。


补充：目前我们一家住一个40平左右的一室半，产权证上是我的名字。2013年我妈过户给我（我父亲不知此事），该房系94方案购买的售后公房，当时产证我妈名字。2000年买下的产权。