老板擅自改动了和我签署的管理制度条例，要求我赔偿。

我在七月二十五日开始工作，第一个月她就只给了我八月一日到三十一日的工资，九月十日发的。后来她给我签署了一份公司管理制度条例，一式三页，就她保留了一份，并没有给我任何保底。十月十日我辞职，她不肯给我工资，说要等到十一月十日开给我。后来十一月十日找她要的时候，她说我九月份给她请的四天病假不算病假，是无故旷工，按照我签署的制度条例，每天扣除总工资的百分之四十，扣掉应给我的工资，我还要赔偿给她工资没抵过的钱。但问题是，我清楚记得当初签署条例的时候，只有三页，可她给我看的却在中间增加了一页，而那一页恰好就有旷工的扣除条例。无论在字体还是排版上，都能清楚的看出不同，整份条例也没有表出页码。并且她毫无理由的不肯在结算金额里面加上我工作的提成和十月份十天的工资。而且关于旷工，我可以提供我向她请病假的短信，但她却无法提供我旷工的证明。我已经找社区调解过，但无果，想请问，现在这个情况，这份管理制度条例有法律效益吗？我有什么理由推翻她吗？而且她的这项旷工的条例罚款的金额是合法的吗？