如果确认打给对方公司的这笔款为借款？

我朋友之前注册的那公司出了个问题，公司法人一直没有变更还是我朋友，但实际上早就不在这公司了。

这公司的另一个股东自己借给这公司500万，然后将这500万做了增资，后来又将这500万转给了另一个公司，说是借款。再后来，对方公司没钱还了，就不肯还这个500万，还倒打一钯，说这个钱是投资给他们公司的。

现在我朋友打算将这个公司注销掉，税务认定这500万为应收账款，说要交税。这样一来，钱没了不说，税务这里又要缴纳很高的税费。现在税务的意思是说要理清这笔账拿出凭证来证明这笔是借款。但是因为钱不肯还回来，那股东就跟那家公司打官司，那公司就不肯出证明说这个款是借款而说成是投资款。

这个情况应该怎么找证据来说明这钱是借款？
打官司的卷宗能不能调出来作为凭证呢？
对于我朋友这个名义上的法人又有什么影响？发生这些事他完全都不知道。