合同纠纷

我老公经营船舶运输业务，2014年5月份，与淮安一公司签订劳务合同，为该公司承运石子，所签合同为该单位一位员工，合同上面没有该公司法人代表签字，也没有公司合同专用章，仅有该员工签名。货物从山东运至淮安后已全部卸至该公司。按照合同约定，货卸至一半的时候，该公司付一半的运输费用，即十万元，该公司已付给我老公十万元运输费，但是这十万元运输费，是按照对方财务部门要求打的借条，不是收条，因为如果不打借条对方就不给这笔钱。从财务制度规定上看，规范的财务处理，先打借条，等货卸完以后，待核实实际吨位后，再转为收条也是可以的，所以，我老公就打了借条，拿到十万元运输费。后来，货物卸完以后，该公司提出，货物的质量不符合他们的要求，且称签合同的员工没有单位授权，所签的合同仅是该员工自己的个人行为（目前该员工因为不负责任，没有把好质量关，被辞退），拒绝支付我老公余下的运输费用。我们只负责运输，至于对于货物的质量是否合格，不是我们责任范围内的事。请问专家，合同有效吗？（我个人认为，这份合同仅仅是形式要件不完整，但是对方收下全部货物，就可以认定为对方已承认该合同是有效了。）这种情形，我们该怎么办？