关于能否推翻人身伤残的司法鉴定  怒！！！

交通事故中我的小车车门将对方刮倒，致对方软组织挫伤，认定为轻微伤，没有住院情况。第一次去医院治疗是我陪去的，后对方在既没有通知我也没有转院证明的情况下连换三家医院看病。因此，在派出所调解时，我方认为有混病假（40天）和误工费等讹诈钱财情况而不同意调解。现对方起诉我至法院，在法院指定下到上海司法鉴定科学技术研究所司法鉴定中心做了司法鉴定。可是！！！鉴定报告依旧是按照在四家医院的病历认定的！这样的鉴定公正吗？？ 是不是存在鉴定依据本身不合法的情况？ 有可能推翻吗？ 
另外，依我拙见，法院指定司法鉴定中心的做法是否存在程序违法的情况？司法鉴定科学技术研究所司法鉴定中心是司法部下属事业单位，如果司法行政部门对其进行了登记并发给了司法鉴定机构证书，那么就是司法行政部门违反了全国人大常委会《关于司法鉴定管理问题的决定》中“人民法院和司法行政部门不得设立鉴定机构”的规定？