自家房顶被邻居侵占养鸽子,如向法院申诉该做什么准备

我家住在一幢老公房六楼(顶楼),平改坡加了屋顶后,同层一住户在自家房顶敲洞进入屋顶,并在我家上方建了个鸽棚,老公房老式的水塔就在附近。 

每天早上六时起左右开始敲击，刮天花板（问过另一幢楼养鸽户说那是在清理鸽子粪便，清洗鸽棚，敲击声可能是修整鸽棚）。晚上十二点后再零敲碎打一会，不堪其扰（对方家是保安，做一天休一天，早出晚归。） 

另,房顶,特别是卫生间顶部已经发生霉变,长了很多霉菌,如是因对方在上面冲洗鸽粪污水全排在房顶(因为上面有屋顶,太阳晒不到,蒸发不了,一直郁积在那里,所以墙壁变得很湿,长青苔和霉菌),我方是否可因此向对方索赔,要求对方修缮.

此事经由物业、居委会上去了解过。对方拒不承认：“我上去也只是在自家屋顶，从未到过你家或别人家的屋顶。”但居委会治保主任证实：“不管他承不承认，鸽棚就在那里。” 

当时起了很大的冲突，算是交涉失败。 

据说如经过物业居委协调，对方仍不拆除鸽棚，可向区法院申诉强行拆除。 

如我要向法院申诉，需要准备哪些材料？ 

将对方告上法庭的话，是否得以邻权相扰为诉讼理由？还是以对方侵占公用面积为理由？哪方于我更有利。 

诚恳地请求行家详细指点。第一次打官司，准备工作不想有疏漏。