劳动纠纷

以下是我与公司签的一份协议，我想问一下他有法律效力吗，我辞职后需要作出赔偿吗？现在已有同事辞职后，公司私自扣除最后一个月工资不给发，并不转交养老保险封存单了。公司是否违法了            
                核心技术人员补充约定
由于我公司新产品研发是与高校或其它科研单位合作完成，这些单位完成的控制算法、电路等核心技术要转交到公司核心技术人员手中，并对员工进行相应的技术培训，并在此基础上再创新。公司为研发相应的技术花费了大量的时间、资源及资金成本，为使公司的核心技术及技术团队能有效发挥作用，不负公司的重托，对于接受新产品核心技术（含核心控制软件、核心技术方案、核心电路设计、核心主电路拓扑结构方案、核心电气设计方案等）的人员等同于接受专门培训，除按甲乙双方签订的劳动合同外，做如下补充约定，与劳动合同不一致的地方以本约定为准。
1、接受核心技术之日自愿签署本约定；
2、自签署约定开始，劳动合同如果在此期间到期，自动延长至3年后或本项目能够由公司生产部门按照技术文件正常生产，以后到者为准；
3、合同延长期间，甲乙双方在劳动合同中的其它约定继续有效；
4、如果乙方在此期间要求离职，要对甲方造成的经济损失赔偿，并返还在此之前2年的应得工资作为培训费；如果由于甲方不同意乙方的辞职请求，乙方故意拖工不认真履行职责，甲方可解除劳动合同，同时要求乙方对甲方的损失进行赔偿，并返还在此之前2年的应得工资作为培训费；
5、乙方在职期间接受公司给予的其它培训或由公司出资攻读学位的，在离职时要按照接受培训服务期限比例，返还公司所付培训费用或学费；
6、本协议约定到期后的续约，双方协商；
7、约定到期解除劳动合同后，所签署的况业限制及保密协议继续有效。