我是一个船员实习生水手，今年11月24日找工作时因为没有门路

我是一个船员实习生水手，今年11月24日找工作时因为没有门路，小到南京凯运航船员服务公司，也就是个船员中介服务机构，经他们介绍到汉升船舶公司的一条船上公司做水手，一个月1500，因为签订了7个月的合同可我做了2个月零13天，因为过年家里有事所以我提前20天给汉升船舶公司提出了我过年要回家，可汉升船舶公司说我们是给中介服务机构签订的合同和他们没有关系，后我又找南京凯运航中介提出了这个问题，他们说会派个人来接我的班，，可当时没有注意到合同上有个不满合同要交违约金3000块一事，他们也没给我说，现在到了时间我要走了可他们说我要么交违约金，要么继续干，要不证书不能给我，也就是说他们扣押证书，我做了2个月13天，可我还没有拿到工资现在中介还要我再交违约金，而且我在签订合同时还交了1000元保证金，现在我是保证金拿不到，工资也拿不到，想拿回自己的证书还要上交3000违约金，我该怎么办？真的交违约金吗？