双户口问题

我出生的时候是农业户口，后来搬到城市父母就把我的户口寄在一家同是姓王的人家的城市户口下，而农村户口因那时委办人并没有帮我注销掉。最近农村那边的派出所打电话来说查不到我的记录，现在都二十多年过去了。事情还是留下了些手尾。昨天去本地(现居住的城市派出所也是我城市户口所在地)派出所提交各种资料想要注销原农村户口，被派出所同志告知后续可能会很麻烦，我寄在那家人的户口上会不会影响那位户主，他家原本就是超生，我做为他的第四子入了那户口。在我读小学的时候自家买了城市的房子又把我的户口从户主那里移到自家户口，我妈做为户主。现在就是想咨询一下我这件事会影响原户主公安机关会追究吗？还有我注销农村户口会不会很麻烦。