老房子没有文物价值却说是在文物保护区域，怎么界定？找什么部门？

我家的老房子是拆迁安置的，在一个市级文物保护区域，自身房子的建筑没有任何文物价值，都是近代用红砖及木板搭建的。由于长年使用及风吹雨打，已经破败不堪，不能居住，也已评定为D级危房。最近开始翻建，但有关部门跑过来说我们这里不能擅自改建，说这里是文物保护区域，自己的房子也不能。工程进行一半，现在我们没办法正常生活起居，洗手间，洗手池都没有，严重影响正常生活所需。
我的问题是，①如何界定我们的房子是文物？我们没有收到任何这方面的证件。②如何找相关部门？不清楚什么部门管辖。③需要哪些证件才能重新翻修自家房子？我们只拿到危房D级鉴定书，相关部门说有了这个就可以翻建，但后期房管局、民城办的人都来阻止，他们的回答是我们这样做不合法，要报批，即使我们报批，也要通过他们，他们是不会让我们通过的。说法很矛盾，他们的意思就是不会让我们重建。