就业协议问题

我是今年4月7日和单位签订了一个就业协议，（我不是应届毕业生，往届生）就业协议上约定了违约金5000元，而且我的档案已经交到单位了。
我4月20日来单位报到，并且工作了已经一个多月了，但是仍没有签订正式的劳动合同，因为工作环境问题，打算辞职，但是人事部门要求我赔偿违约金，然后才会给我档案，还有办理解约手续。
单位是一个企业单位，我来时给我企业编制，人事部门说我占用了一个他们的编制，如果我辞职，将给他们带来损失。
问题1：就业协议失效时间到底是  报到的时候还是签订劳动合同的时候失效。
问题2：我这个违约金应该交吗？是不是单位违法了。