挂靠车辆违规，不年审、不处理交通违法，车主跑了车辆找不到，导致挂靠企业无法正常经营，挂靠企业该怎样处

我公司有几台大型货运车辆，因长期没有年审、交通违法不处理，被我公司以违规车辆起诉至法院，法院判决解除车辆与公司挂靠关系，并要车主限期将车辆过户出公司。但在判决生效后车主并不配合公司过户车辆，多次联系车主，有的是私自把车处理了，没有走正规报废手续，有的根本就不接电话，现在公司因这些违规车辆问题，导致车辆源头化管理工作不达标，在车辆管理所无法办理车管业务，对于我们出具的法院判决书车管部门也不认可，仍然认定车辆是公司的，想咨询下车管部门的这种认定是否合理，公司如何能使这些法判失联车辆与公司脱开关系，以尽快恢复公司的车管业务？