先怀孕后办理生育指标就不能落户吗？

如题，我与妻子2009年6月结婚，10年5月查出怀孕，8月完成了生育指标的办理手续，2011年1月孩子出生，办理完所有手续后到户籍地派出所落户，结果户籍人员以先不可以怀孕后办理生育指标为理由拒绝落户。
我到计生委咨询过，此类情况是允许的，所以在此想咨询一下究竟是我违规，还是派出所的问题。