母公司为子公司作垫付的问题

可以的。

还不如，直接由子公司向母公司借款较好，然后，子公司再归还。
母公司直接为子公司员工垫付工资，有点怪异，双方又不具有劳动人事关系。都是独立的法人，一个公司为另一个公司发工资，是不是也叫创新啊，而且，还涉及到个税和企业成本的问题，财务上做账都不好做。