税务处罚复议咨询

我是一个酒泉裕民蔬菜农民专业合作社负责人，在2014年4月合作社注册登记时与税务机关（区国税局）、农业银行、合作社签订《甘肃省财税库银税收收入电子缴库横向联网》三方协议书，明确通过银行按期缴纳税款。我也一直在银行账户足额预存税款，每月税款在当月15日前通过银行代缴税款，一直未有异议。
但在2015年6月底，区国税局打电话向我催缴税款（定额60元/月税款），因村上6月底前搞防洪，我在7月2日我到税务局说明合作社税款一直通过银行代扣，如果银行没交我现在缴可以吗？区国税局领导说他们从6月份已不通过银行代扣缴，现在我逾期了必须最少先交罚款900元，才能缴纳正常税款。
我很纳闷：1、以前都是通过三方协议有银行代缴税款的，不通过银行代扣也没人通知我，如果我账户上没钱或者钱不够，处罚我也接受，但明明银行账户有钱却不扣缴代扣，责任在谁？与区国税局、银行签订三方税款缴纳协议起不起作用？不起作用签订它干啥？
2、作为税收征管的国税局，既然内部决定不通过银行扣款了，征管员为啥不给纳税人说，便要等纳税人超过纳税期限了出具处罚通知书？工作态度何意？
3、罚款900元依据国家税收征收管理办法哪条规定呀？