没有合法进行财产分割前提下取得的宅基地证有效吗？

我祖父母去逝前有两处宅基地房屋和两处宅基地空置地（时间久远，宅基地证已灭失），生前并未定立遗嘱。父亲一直与兄长在祖屋共同生活直至到父亲结婚后在另一房屋生活。后来父亲出外谋生，但一直在生活上照顾其兄长，并且时常回家。其中一处宅基地空置地，由亲戚出资全部资金建起房屋，为我父亲和其兄长共同使用，而且兴建房屋也是父亲回家与其兄长合力共建的。在建好不久，其中之一处祖屋日久失修倒塌，一直没有重建，后来兄长结婚，出于此共建房屋并不大的考虑，我父亲独自出资向村申请并允许将无证的一处宅基地空置地建了房（暂时依然无法取得宅基地证，但此房子在村里记录是我父亲的名下）。现在他的兄长也去逝了，我父亲想在倒塌的祖屋原地上重建房屋，向村申请时才得知，在父亲在外期间，村中重新补发了宅基地证（祖屋已经倒塌），除了我父亲结婚后居住过的小房子属于父亲名下，他兄长在我父亲不知情前提下就已经将共同建起及倒塌祖屋的空置地，都记在他个人名下并取得宅基地证，他兄长去逝也曾经报失了。经过与兄长的妻子沟通协商过，她认为这是丈夫的名下，同时取出两处宅基地证复印件，说明原件还在她手上，是属于她个人遗产，不同意我父亲建房。
请问：祖父母去逝前留有的两处宅基地房产，本应由两兄弟继承，而宅基地不属于遗产，不能被继承的，我父亲在没有放弃继承权前提下，他的兄长取得宅基地证是否合法？能否重新进行公平财产分割？我父亲能否主张合法取回共建房屋的拥有权？我父亲此后将其中之一处宅基空置地向村申请独立出资建的房屋，他的兄长妻子是否有权拥有？祖屋既然已经倒塌，亦不属于遗产，我父亲是否有权提出申请祖屋的农村宅基地使用权？