解放前我的爷爷和大爷爷（爷爷的大哥）共同出资建了一个小四合院

解放前我的爷爷和大爷爷（爷爷的大哥）共同出资建了一个小四合院。后来大爷爷和我爷爷相继过世，大爷爷家的三个儿子也都在外地工作、落户、成家。我大奶奶老了以后不愿与她子女到外地生活，子女也无法回来照料她。遂商议由我父母亲照顾她的起居，提供口粮，作为交换条件，之前两家共同修建的房屋全部由我父母继承。当时我父母是要求立下书面协定的，后因三伯顾虑亲人之间弄得像买卖伤了亲情便没有立。而且以前农村房屋很不值钱，我父亲考虑他们都去了大城市也不会再回头反悔要农村的房子也就默认了。80年代我家修新房，全部由我家出资将原来两家的破烂不堪的四合院全部翻建了，大奶奶住其中的一间一厢，直至她临去世前一个月才搬去上海的儿子家。90年代领房产证时因为人口数量的问题我父亲没能将房产都定在自己名下，因为超出部分要交罚款，便将大奶奶居住的那一间一厢的房产证上写了大伯的名字。现在担心拆迁或者新农村建设会在所有权问题上给后代造成矛盾，请指点怎样才能更好的化解这个矛盾，谢谢！