我是重庆结婚女子，现年四十一岁，我和老公分居五年，现在没有合法离婚

你可以起诉离婚，并主张子女抚养权。

婚姻法
第三十六条  父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。

起诉离婚，同时处理财产与子女抚养问题。