农村宅基地问题

我是佛山顺德一农村村民。我爸在村里原本有两间住房，每间都是30平方米，但两间屋之间是被一条行人道分割开的，而且其中的一间房屋（即当时我们一家4口所居住的）已经变成危房，不能主任。因此，在2007年我爸在该村里的新开发的地方从别人的转让中买下了一间新房子，共100平方米。就正因为这原因，村委会就借意没收了我原本在2000年已获得分配宅基地的权利。
目前，村委会提议我爸将两间就屋的房产证上缴，然后付20平方的土地钱，合共80平方，重新发一个新的土地使用证给我们，旧屋将被拆迁。
我想问的是：根据《农村宅基地管理办法》第十一条 《宅基地面积计算》：的第（四)条，通过购买商品房和以公开有偿出让方式取得国有土地使用权或集体土地有偿流转取得的集体土地使用权不计入宅基地面积。我爸2007年购入的房子是以有偿方式购入的，理应不计入宅基地面积。为何村委会认为他名下有三间房屋的房产证就不给予批准申请多一块宅基地呢？这是对的吗？他们要收回我爸的旧屋房产证来换新的土地使用证是对的吗？
又或者，我的朋友的爸爸将名下其中一间旧屋赠予给他，（旧屋的面积只有40平方），使得他名下有一间物业，之后再向村委会申请宅基地，这样可以吗？