关于1984年颁发的《农村土地使用证》的效用问题

1992年，我村R某因外出打工，将自己承包的2.07亩地交由我父亲代耕，而此前这2.07亩地R某已弃耕多年。1995年，我父亲与R某在村委办理了这2.07亩地的过户手续，但手续非常简单，R某把纳粮簿交给了父亲，但双发都没有签名，没有签订合同，而我村一直以来农户之间的过户手续90%以上都是如此办理，村委和村民都一致认可的。此后这2.07亩地也转到我父亲的纳粮簿里，从1995年到农民免缴农业税止，一直由我父亲缴税。2010年12月，R某多次向我父亲要回土地不成，将我父亲告上法庭，他的供词主要有两点：1、他手上的1984年颁发的《农村土地使用证》上列有这2.07亩地；2、没有在当时的过户手续上签名，更没有与我父亲签订土地承包过户合同。我父亲的供词有以下两点：1、当时办理的过户手续得到村委认可，当时的村委都已写下证明；2、认为1984年颁发的《农村土地使用证》不能真实反映实际情况，原因是从1984年至今，我村因为建宅基地、国家修路征地、农村建设、农户之间土地转让等，农民承包的土地已有很大调整，而这些调整从来没有反映到农民的《农村土地使用证》上，以我家为例，我家1984年颁发的《农村土地使用证》上列有5亩多的土地，而事实上这些土地因为村里的土地调整早已不复存在了，期间征用的土地也没有补偿给我们，我们是否也可以追讨回这些土地？到现在法院由简易程序变为普通程序审理，R某都不同意调解，最后作出了判决：我父亲需归还R某这2.07亩承包地。我觉得非常无奈！在这起案件里我认为我父亲明显是受害者，面对这样的判决，我们应该怎么办？如何维护我父亲的合法权益?而且这仅仅是开始，我家大部分耕种的土地都是这么办理过户手续，全村大部分的土地转让都是这么办理手续的，岂不“天下大乱”？求解答，谢谢！！！