高速铁路占用农用耕地赔偿中，出现耕地换用的情况怎么赔偿？

最近我们村修高铁，高铁轨道经过我家的农用耕地。其中，我们家和村里一家（老谢一家）在高速铁路占用的耕地面积上发生纠纷，原因是在我们的集体土地使用证上写明是我家的地（有0.9亩左右），但是被另一家在耕种，所以这次赔偿不知道怎么协调？出现这种情况是因为——在2007年，这块现在要被高铁占用的土地分到我们农民手中（之前是村干部擅自卖给别人了），而村里之前将老谢一家在另一处有0.9亩左右的地划给我们种（双方在这个分地上有过严重矛盾，因为之前村干部偷偷将一部分土地卖给他人耕种，从中获利，导致一些村民实际耕种的土地比应得的土地要少，这时村干部就将土地从一些农户的土地拿出来重新分配，企图使每家被剥夺的土地相当，但在集体土地使用证上不作更改，当时一部分土地的实际耕种者和土地使用者不一致，其中老谢家的0.9亩地划给我们家耕种，老谢家表示不满，矛头直指我们），村里这次在分给我们的耕地上又划了0.9亩（相同面积）左右的田给老谢一家种，而没有更改集体土地使用证上这两块田地的使用者名字，而且由于田和地的补贴不一样（田补贴高，地补贴低），我父母表示不同意这种田地的交换，可村里从来不给解决，只能一直按照村里的安排在种地，得到的补贴也少，那么这次修高铁，是按照集体土地使用证上的面积来赔偿，还是按照实际是谁在耕种来赔偿？