产权咨询

本人妻子结婚3年有1女儿，妻子的家里父母跟一个未成年的哥哥都已去世，只剩下她一个。留下祖屋一间（以前的祖屋都是分开两边，一边一个儿子共同各自为证的），原本想到她村里面办理土地过户的，咨询过才知道宅基地是不能过户的，手里拿着的土地使用证只能说拥有这片土地上所建筑物的使用权，现在妻子村里面通知如果今年不盖新的，明年要申报就会比较麻烦，还有会限高。所以跟她共同一间祖屋的叔叔（祖屋的另一半拥有人）就提出以他的名义向村里申请报建，获批准后就直接把祖屋拆了重建。我的问题是，在祖屋拆建后我妻子拿着土地证，也是他父亲的唯一女儿法定继承人，那她拥有土地证上建筑物持有权对吗？还有就是拆建的钱是从我家里拿一部份还问亲戚借了一部份凑出来的，我担心以后如果跟我老婆分开后，这拆建后的屋子产权问题。是不是连同建房时后问亲戚借得钱一起双方各承担一半债务，跟平分房屋呢？我要怎样才能维护我的合法权利呢，望老师指点一下我。谢谢