关于房屋地基所有权的法律纠纷

我现在遇上一个关于房屋地基所有权的法律纠纷，想向专门处理该类案件的律师咨询一下。事情涉及到的人和时间比较多，如果有描述不明白的地方，还请谅解。

事件背景：我爷爷承包的土地，1985年经村里同意，在承包的土地上建房屋，1996年镇政府在没有经过村民的同意和发布公告的情况下，与当时的村长签字按手印，但是没有盖公章的情况下，就强行铲掉我爷爷所盖的瓦房并没有给予任何补偿。在此需要说明的是该承包书上记载的土地是用于种植农作物，不用于建筑。

大致经过：
本案争议地是属于澄迈县中兴镇多廉外村的土地，当时分给我爷爷使用。在1985年的时候，我爷爷就经过村里的同意在争议地上建房，当时建了两间瓦房给我父亲开小卖部，到了1991年我父亲到农场工作后，交给我叔叔继续经营。1996年中兴镇政府在没有经过多廉外村村民的同意和发布公告的情况下，与当时任多廉外村的村长签字按手印，但是没有盖多廉外村的公章，就强行铲掉被告的瓦房并没有给予任何补偿。当时被告反映到中兴镇镇长，镇长说铲掉的瓦房宅基地仍然是我们的，以后再安排两间宅基地给我们，但却没有写字条，后来镇政府一直没有另行安排宅基地和处理，一直拖到一届又一届的镇长上任，还是没有安排宅基地和处理。2007年8月，我们又重新在旧的地基上开始建房，镇政府的人员却告知我们，说该地基已经卖给别人了，要等纠纷处理完才能兴建房屋，但是也未见镇政府有个处理的结果。2007年至2009年期间，一直向政府反映处理此事，2009年我父亲向镇政府申报办理土地使用权证书，镇政府的称：“有纠纷的土地不能办理土地使用权证书”。之后，在我父亲不知情的情况下，镇政府却打一个函的报告给澄迈县国土局，要求国土局给购买的有纠纷的土地的人，办理国有土地使用权证书。此纠纷案就一直持续至今。

问题点：
1.该土地使用权证书是否有效？在有纠纷的情况下,办理土地使用权证书。
2.第三者所购买的土地是否合法？实际的征用的土地亩数已远远超过，政府打报告所征用的土地亩数。
3.经到镇政府，想要查找规划建设的相关档案，其镇政府的工作人员称规划建设用地的档案已经坏掉了，要到县建设局才有；于是我就到县建设局查找，县建设局的工作人员称没有档案，就只有是2008年才制作的规划图纸，其他的资料全都没有，图纸上也没有标明哪些属于规划用，亩数是多少，也未注明，请问这规划合法吗？为什么没有档案？
4.请问征用的土地没有村里的盖章,仅凭村长一个人签名就可以生效吗?而且签名并未安手印.
以上情况比较复杂，如果有必要，可以随时联系沟通。