男女双方分居两年多了，起诉法院是否判定可以离婚

可以的

分居并不是衡量是否准许离婚的主本判断标准。感情确已破裂才是判断是否可以判决离婚的主要参照标准。但分居两年多如是因为感情不和导致，当然也可以作为判定感情确已破裂的一个因素考虑。即使不分居法院也是可以判决双方离婚的。