母公司与子公司如何运作？股权转让如何计算？

现有A公司和B 公司，A公司在B公司中占51%的股权， 现根据业务发展的需要，想做成一个母公司两个子公司的形式：
方式一：将现有的A公司直接作为母公司，然后再成立一个子公司C，A在C中占90%； 方式二： 还是成立一个新公司C作为母公司， 原来的A,B公司做子公司。那种方式好？问题：
1.原来A公司有25项国家专利和一些资质，如何延续？ 选用上面那种方式更好？
2.如果选方式二，新注册的母公司C，其注册资金是否要大于已有的A,B公司的注册资金？
3.若考虑公司今后上市，是否以三个公司（母公司+2个子公司）的合并报表考核？
4.在过去的几年中，A公司股东后续投入的资金没有做增资，导致实际投入约1500万，而注册资金才300万，有无办法再增资变更成注册资金与实际投入一致？ 如果有企业要投资我A公司，核算投资所占股权时， 是按照工商注册的资金计算还是可以按照A公司原股东们协议中已投资1500万来计算？
5. A公司中总盘子四年前投入1500万，若有企业想参股我公司，准备投600万，在不增资的情况下，我们准备出让20%股权给他们，应如何操作？ 还是应该做增资？             问题比较多，烦请各位律师解答为盼，谢谢！