毕业生试用期违约要交违约金吗？

不用支付违约金，因已签订劳动合同，三方协议已经履行，而你们之间又没有劳动合同，故不必支付违约金。

1、公司的约定“公司在就业协议书备注栏已经注明“违约金三千元”不合法。
2、依据是，《劳动合同法》规定了一种情况可以约定违约金，其他情况均不能约定违约金。即提供专项培训的情形可以约定违约金：
   第二十二条　用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
   劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
   用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。