公司私自修改合同和签订没有法律效力的合同

本人于2014年7月6日入职一家公司，2015年1月1日签署了第一份用工合同（合同没有劳动局盖章，后期才知道是没有法律效力的），当时签的合同是2015年1月1日――2016年1月1日，当时没有留备份合同，后来本人于2016年元月2日向公司提出书面辞职。有以下几点需要问：1.公司未与我签订有效的劳动合同，但是我有证据证明我在公司上了这么长时间的班，按照劳动法是否已经违法且要给予我相应的补偿？    2.按照合同上公司写的规定，每个月扣除100学习费，满一年之后返还，元月13日我拿到之前签署的劳动合同，发现我的合同被公司私自串改合同期限，未经本人签字同意，请问是否违法且需要补偿？  3.公司的用工时间绝大多数都是超出国家规定的8小时工作时间，且并无按照劳动法给予相应的工资报酬，是否违法且需要重新支付工资报酬？谢谢！