这到底算借款纠纷还是算房屋产权纠纷？

94年的时候我父母向一个朋友借款2万元（双方签字），到期后无法偿还，将一处住房让他暂时居住，并将房管证交给了他，但并未写任何书面的协议，只说未还款前暂时居住。
几年后，我父亲和他单独写了一个协议，说该房屋由于无法偿还债务归他所有。当时我母亲并不知情，而这套房屋又是我母亲名下的。
又过了几年，那个人由于欠别人钱想卖房子的时候找到我母亲，想将房屋过户给她，我母亲不同意，并不认可之前我父亲单独立下的协议。
现在房屋要拆迁了，他到法院起诉，说产权纠纷，要求将该房屋的判归他所有。而我母亲说，当年她只签了一个借款协议，并没有什么房产纠纷，只认同偿清欠款。
大概的情况就是这样，您看这个案子我们双方大概会如何获得该房屋的拆迁获益呢？
不知我父亲单独和他写的协议是否有效？法院将如何看待？