交通事故经交警队调解后，被告方不按调解协议付款（少付），怎么办？

电动车闯红灯，私家轿车撞电动车，事故双方同等责任，经交警队调解后，调解协议书上写车主赔偿所有费用3万元，但对方付了2万后不愿再付。
另外，被撞者颈椎有骨折，医生当时建议开刀，但我们还是选择了保守治疗，住院2周，找过司法鉴定的人，但未达到十级伤残。
我现在的问题是：
1，如果我方要起诉，是否可推翻调解协议，提高赔偿要求？（因为当时的3万就是对方的代理人定的）。
2，起诉的程序是怎么样？赔偿金额不多，是找律师代写起诉书，还是全部委托，两者的大致费用多少？
3，是否需要去做司法鉴定，以提供诉讼过程中的相关证据？
4，如果自行起诉，应该找法院什么部门，怎样的一个流程？