法院判决确认有效的人民调解协议，能否申请法院协助执行

原告（张乙）、被告已2011年6月13日在南通开发区人民法院的调解下协议离婚。
离婚时原、被告有如下财产：xx苑xx幢303室及车库（房产证上名字为张甲、张乙、张丙），xx苑xx幢404室及车库（房产证名字为张甲、张乙、张丙），小海租住的羊绒衫店。（注：张乙，张丙是亲兄弟，张甲是张乙、张丙的父亲）
2011年7月11日，原、被告在南通市xx街道社会矛盾纠纷调处中心的调解下，就有关财产分配自愿达成协议：1、原、被告的女儿的抚养以法院调解为准。2、被告自动放弃2幢楼房产权的分割权；3、原告放弃xx街道租住的羊绒衫店的经营以及经济权分割；4、原告另补贴被告3万元补偿费，此3万元作为小孩的抚养费，直至扣完为此；本协议双方确认并无显失公平或有重大误解的情况，经双方当事人签字确认后立即生效。
2016年3月28日，该人民调解协议经南通开发区人民法院判决，确认具有法律效力。
判决书生效后，原告去开发区房产交易中心办理房屋产权证变更手续时，联系被告协助办理，被告不配合，导致原告无法办理房屋产权的变更手续。
请问，这种情况下，能否申请法院协助执行，如果不能，应该怎么处理才能办理房屋产权证变更手续？