现金账务不符，涉及赔偿问题

你好!
   本人2007年9月进了一家公司任职出纳,工作内容不止做出纳事务，并兼核算员工工资,核对应付款等事务.2007年10月发现:现金余额跟帐上余额不相符(现金比账上余额少了2万元).当时我自已也查过,并查不出来原因.只能向上级报告,之后上级给我的回应,就是先写张借条,说以后如果查出来再抵掉.我当时心里很乱,并没想到这样做是否有符合,就答应他,写了张借条.但过后上级并没安排查这件事的动作,也没有向老板报告如何处理(因为他是老板的侄子,而且刚上任怕被骂了).到了2008年5月因公司现金周转问题，会计向老板说了此事情,上级听闻老板知道此事情后,他也没向老板汇报突然跟我说:要求我每月按自已能力先还款,如果以后查出来不用我负责的话就把钱还给我.当时我心里总觉得事情这样子不好,总会有解决的方案.后来会计跟我说,他这样做主要是给老板知道他有处理这件事,不是想要你的钱,再查查看没事的.我又相信了,我每月把出的工资中500元还了给公司．还了几个月后,因家里的爸爸得了癌症要做手术要用钱,加上物价上涨,我真的没钱还了,只能向上级要求这几个月我不能还款了,过几个月再还.但他说:"这样不行,让他看看."因我姐也跟我同一家公司做,后来他要求我姐替我还这笔钱.我姐家景也不是很好,没答应他的要求.过了一个月后,他叫会计吹我还款,当时我根本无法还,他只能无可奈何,总是给脸色我看,在工作上总是围难我,说我那个不是,那个不是.在这样的工作环境下我真的做的不开心,如果辞职或不辞职，我是否都要要赔偿2万元吗?在我现在的状况，我应如何如处理这件事？让自已得到法律的保护．