大四的时候在一家公司培训实习,我因为取得了免费培训的资格就签

大四的时候在一家公司培训实习,我因为取得了免费培训的资格就签署了一份培训协议,协议上写着,我需要为公司服务两年,违约金12800,每服务一个月,减少一些。直到两年就没了！然后我毕业了，和公司签合同,公司跟我说我基本工资3000,加班一个小时10元,晚上9点之后打车才报销(我同学也在大连,人家转正了都是4000,而且打车8点之后报销)。还说了五险一金的事,说是按大连市最低的标准交,公司交一半,自己交一半,如果我不办五险一金的话  就可以兑现，也就是我能拿到3500左右,如果交了的话只能拿2500左右。我在外面租房子住,已经毕业了，不想再伸手向家里要钱了，又想到当初签的协议上违约金的事儿,就签了合同。而合同还不是劳动合同,只是什么  项目合同  。他说不办五险一金的不签劳动合同,就签这个。
我主要是想问,加班补助是不是太少了，不是不得低于时工资的1.5倍吗？会因为我签的不是劳动合同就可以不按规定吗？
还有就是,我如果辞职了，是不是一定得赔违约金(12800的违约金是按照那些来公司交钱培训的培训费9800分期之后的价格,是不是不合理)