土地使用權確權

村民甲有三兄弟，排第三。其父母居住的土地，在1995年時，由村討論，在村民甲父母離世後，土地交村民乙使用，地上的房屋歸村民甲三兄弟。同時村劃撥三塊地給村民甲三兄弟做為宅基地，當時村民甲父母無異議，并寫了協議。2002年，房屋坍塌，村民甲父母不再在該地居住，房屋一直空閒。2014年，村民甲父母離世。2015年村民乙向村民甲提出收回土地，需要建房。經協商，村民乙向村民甲三兄弟付款2萬元，拆除地上坍塌的房屋。村民甲三兄弟同意，由村民甲二兄辦理。并寫了協議。簽名時只簽了二兄名字。村民乙6月份付款平整土地，挖建房地基。到9月份砌磚建房時，村民甲以不在協議上簽名，該房屋歸他繼承為由，不同意村民乙使用土地，并要求拆除在建的樓房。同時向政府申請確權。（村民甲所分的宅基地已出賣，在縣城買地建房居住，現爭議地上的房屋沒有辦理過房產所有證。也沒有證明繼承者屬村民甲）如何處理試糾紛？