事故科押两万合理吗

我父亲不幸车祸当场死亡，经事故科调解对方赔偿了N万元，但是事故科怕我们还告对方到法院，所以押了两万作为保证金，说是半个月后不上诉就给了。但是过了半个月我过去问，那事故科的科长说是法院判决后的15日以后再给。可是事情过了有两个月了，案子他（科长）也没有上交，还在他桌子上放着，眼看再有一个月就要过年了，不知道头年能不能要回来。  我想问的是，既然我和肇事方说好了私了，也填了协议说不追究对方任何责任了，那为什么事故科还要追究他的刑事责任？是事故科有这个规定还是事故科有什么意图？（我都不追究了，事故科还追究做什么？）如果他上交到法院，我会有什么损失吗？是不是会有罚款？请大家给点建议。（对方可能和事故科关系不一般，只是可能，不确定）