我想问一下关于劳动合同的事宜？

我在郑州某电子商务公司上班，有近两年的时间了，公司的劳动合同本来签订的应该是一式两份的，但是公司两份合同全都收缴了，没有给员工留底一份，请问这种情况，是否合理？对我们员工的权益是否会有影响？并且在五险一金缴纳过程中出现了很多的误区，我同学也在这家公司工作，12月份开始缴纳五险一金，公司开始扣除，但是5月份才给该员工开户，并且该员工当时怀孕即将临产，想要医保报销，连卡都没有放下来，最后今年7月份生孩子的所有费用都是个人承担，并且对于之前扣除的五险一金费用，没有合理解释。因为公司说我们公司的五险一金是代理机构帮我们缴纳的，他们不清楚，代理机构那边一直没有回复，现在我们该如何维权？是否可以找公司协商解决？这种五险一金的少交漏交情况屡屡皆是，但公司一直的理由就是我们是在这个公司上班，但是我们是和代理公司签的合同，请问这样是否合法？我们要怎么维权？是否可以索要赔偿？能否追究之前扣款的费用？