三个人合伙开办公司，注册资金是50万，我是公司法人，我应该如何保护我的权益？

制定公司章程及财务制度并严格执行。

你好，公司是形式是多样的，你们三人合伙可以开办合伙公司，也可以开办有限公司，当然有限公司是最常见的，也更有利于保护股东的权益。
公司是独立的企业法人，对外以公司的名义开展业务、缔约合同等，公司对外产生的义务，也有公司来承担责任。
像你的情况，建议可以以股东会决议或者公司章程的形式，来约定股东之间的权限，如果因为股东的对外行为致使公司承担责任的话，其他股东可以向有责任的股东追偿等。
公司在经营过程中会遇到很多法律问题，包括用工风险、缔结合同的风险、股东超越职权的风险、侵权与被侵权的风险等。如果刚刚开始经营公司，自己也不够熟悉法律知识的话，建议可以聘请常年法律顾问，为你公司合法、正常、有序的发展提供法律意见。具体问题你可以电话咨询我！

制定一个公司的规章制度，按照规章制度执行就行了。

制订良好的公司规定制度，严格依法经营，恪守财务会计制度。