个人包干支配的工程预付款在工程结算前能算是公款吗

单位让我个人包干完成一项工程施工任务，由建设方给我提前支付了一笔工程预付款。虽然工程早已竣工，但因种种原因建设方一直不给我进行工程结算。事过两年有余建设方才同意给我进行工程结算，可就在工程结算刚结清我应退还多少预付款，尚未来得及结算建设方应该支付我多少施工费之际，检察院却来插手办案。声称我个人掌控公款（工程预付款）已超过法定期限（三个月），法院受理了检察院的指控，最后判了我有期徒刑五年。