我和老公分居三年多了有拿结婚证，那时我怀孕差不多一个半月他知道

需要结合双方情况判断。

您好，抚养权的归属，可以双方协商，一旦协商不成，则需由法院判决。一般孩子的抚养权，2周岁以下，以跟随母亲生活为原则；2-10周岁，法院会根据有利于孩子成长的原则来判定，主要考虑以下因素：夫妻双方的学历、工作、收入、年龄、家庭环境、子女的年龄等。10周岁以上，需要考虑孩子意见。