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一、第五条修改为：“县级以上人民政府农业行政部门的种子管理机构负责本行政区域内种子管理的日常工作。
县级以上人民政府农业行政部门的种子公司是生产、经营种子的主营单位，承担本行政区域内生产用种和余缺调剂任务。
各级种子管理机构和种子公司应严格实行机构分设、业务分开。”
二、第十二条修改为：“向国外提供或馈赠农作物品种资源，在国务院颁发的《中国农作物品种资源对外交换目录》规定范围以内的，由省农业科学院报省农业行政部门批准；超出此范围的，经省农业行政部门报国家农业行政部门审批。”
三、第二十条增加一款，作为第三款：“鼓励和支持农业科研单位、农业院校和国有原(良)种场选育、繁殖和引进常规良种，经审定通过的，优先发给《农作物种子生产许可证》。”
四、第二十二条第二款中“玉米、水稻、高梁”修改为“玉米、水稻、油菜、高梁”。
五、第二十五条在“进行自检”后增加“并附有《农作物种子质量合格证》”。
六、第三十一条第二款修改为三款：“玉米、水稻、油菜、高梁等主要农作物杂交种子由县级以上人民政府农业行政部门的种子公司组织经营。
农业科研单位、农业院校、国有原(良)种场和农民个人可以经营自育的并经审定通过的杂交种子。
本条第二款、第三款规定的单位和个人经营杂交种子，都要纳入同级农作物种子管理机构的计划。”
七、第三十三条第二款修改为：“经营种子严禁掺杂使假、以次充好、强行推销。”
八、第四十条第一款修改为：“玉米、水稻、油菜、高梁等主要农作物杂交种子的省间调运，必须持有省种子管理机构的准调证；省内市(地)间调运必须持有调出市(地)种子管理机构的准调证。”
九、第四十二条第一款修改为：“省、市(地)、县(市)分级建立种子贮备制度。”
十、第四十六条增加一款，作为第三款：“伪造、涂改、出租、转让、出卖《农作物种子生产许可证》、《农作物种子经营许可证》、《农作物种子质量合格证》的，由县级以上农业行政部门没收违法所得及证件，并处以违法所得一倍以内的罚款。”
十一、第四十七条增加一款，作为第二款：“谎报新品种，弄虚作假，骗取荣誉的，由有关部门撤销其荣誉称号。造成损失的，由农业行政部门责令赔偿经济损失。”
十二、第四十八条中“销售不符合质量标准种子的”修改为：“销售无《农作物种子质量合格证》或不符合质量标准种子的”。
十三、增加一条作为第五十条：“无《准调证》和《农作物种子质量合格证》在省、市(地)间调运杂交玉米、水稻、油菜、高梁等农作物种子的，农业行政部门可以先行封存、扣押，并依照本条例第四十八条的规定及时进行处理。”
十四、增加一条作为第五十一条：“拒绝或阻碍农业行政部门的种子管理和检验人员依法执行公务的，由公安机关根据《中华人民共和国治安管理处罚条例》的规定予以处罚。情节严重构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
十五、增加一条作为第五十三条：“种子管理机构的管理人员玩忽职守、徇私舞弊、收受贿赂、滥用职权的，由种子管理机构的行政主管部门给予行政处分。构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
十六、第五十二条修改为第五十五条，增加一款，作为第二款：“对同一违法行为，不得重复罚款和没收非法所得。”
十七、本条例中的“国营”修改为“国有”。
《河南省农作物种子管理条例》根据本修改决定作相应修改并对条、款顺序作相应调整后，重新公布。
