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国务院国发〔１９８９〕２５号通知对企业实行工资总额同经济效益挂钩作了进一步改进和完善。根据国务院的通知，就有关缴纳能源交通基金和预算调节基金问题具体规定如下：
一、一九八八年十月一日以前经国务院或劳动部、财政部批准实行“总挂总提”奖金进成本的挂钩企业，其由成本开支的奖金部分免征能源交通基金和预算调节基金。
二、一九八八年十月一日以前未经国务院或劳动部、财政部批准，但已实行“总挂总提”奖金进成本的挂钩企业，其由成本开支的奖金，应从挂钩之日起缴纳能源交通基金，从一九八九年一月一日起缴纳预算调节基金，未缴纳的应予补缴。计征能源交通基金和预算调节基金的奖金包括工资总额基数中的奖金和新增效益工资中的奖金（新增效益工资中的奖金根据挂钩第一年工资总额基数中的成本工资和奖金的比例确定）。
三、一九八八年十月一日以后实行挂钩的企业，其在留利中开支的奖金和新增效益工资，均应先按企业的留利总额缴纳能源交通基金和预算调节基金后再开支。
四、实行挂钩企业的折旧基金和其他预算外资金仍按现行规定缴纳能源交通基金和预算调节基金。
五、请各省、自治区、直辖市和计划单列市财政厅（局）、国务院各部门于六月底以前，将本地区、本部门经国务院或劳动部、财政部批准实行“总挂总提”奖金进成本的挂钩企业名单报送国家税务局地方税管理司和我部综合计划司。
