3、不符合城市整体规划。从事房地产开发必须是在城市的规划区范围内进行。《城市房地产开发经营管理条例》中规定房地产开发经营应当按照经济效益、社会效益、环境效益相统一的原则，实行全面规划、合理布局、综合开发、配套建设。确定房地产开发项目，应当符合土地利用总体规划、年度建设用地计划和城市规划、房地产开发年度计划的要求;按照国家有关规定需要经计划主管部门批准的，还应当报计划主管部门批准，并纳入年度固定资产投资计划。《城市规划编制办法》第三十二条中规定：规划期限内城市建设用地的发展规模，土地使用强度管制区划和相应的控制指标(建设用地面积、容积率、人口容量等);城市各类绿地的具体布局;城市地下空间开发布局都应该符合城市规划的强制性内容。城中村改造如果没有纳入到城市规划，或者暂时没有纳入到城市规划，那么它不但影响了城市的整体结构和功能，同样也不能很好的发挥自身的功能，更有可能给城市的发展带来巨大的障碍。

　　4、项目质量没有保障。房地产开发企业开发建设的房地产项目，应当符合有关法律、法规的规定和建筑工程质量、安全标准，建筑工程勘察、设计、施工的技术规范以及合同的约定。建设单位应当将施工图送审查机构审查。建设单位可以自主选择审查机构，但是审查机构不得与所审查项目的建设单位、勘察设计企业有隶属关系或者其他利害关系。建设单位应当向审查机构提供下列资料：(1)作为勘察、设计依据的政府有关部门的批准文件及附件;(2)全套施工图。

　　审查机构应当对施工图审查下列内容：(1)是否符合工程建设强制性标准;(2)地基基础和主体结构的安全性;(3)勘察设计企业和注册执业人员以及相关人员是否按规定在施工图上加盖相应的图章和签字;(4)其他法律、法规、规章规定必须审查的内容。

　　另外，工程还要符合防震、消防、环保等等一系列的强制性规范。

　　只有经过了有关部门有力的审查监督，才能最大限度的保证工程质量。城中村改造在这一环节是缺位的，也许有人会说，没问题，这些房子住上去是没有问题的。可是隐患已然存在了。

　　5、冲击了房地产市场，成为造成房地产市场泡沫的原因之一，给市场的调控带来了困难。

　　(1)、冲击市场：市场竞争是残酷的，优胜劣汰、物竞天择，尽管是非法项目，城中村改造的房屋销售势头依然不减，对房地产市场形成了巨大的冲击。居民的购买力是有限的，在购买力不变的情况下，开发面积的增加、销售量的增加直接导致合法项目销售的萎缩，开发成本增加了，利润就会减少，资金运营周期拉长，资金链也会面临中断的危险。