如上文所述，公益性建设项目与经营性建设项目在建设目的和法律适用上存在较大差异，因而基于不同性质的建设项目所发生的拆迁补偿费用也应有所区分。根据我国《土地管理法》第二条第四款规定：国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或者征用并给予补偿。国家在征收取得国有土地后，再根据《土地管理法》第五十四条的规定将土地划拨给公益性建设项目的建设主体。因而公益性建设项目拆迁补偿的法律依据是国家征收行为；相比较而言，经营性建设项目取得建设用地的法律基础则有所不同。国家不能以征收的方式为经营性建设项目取得建设用地，而只能以其他方式收回国有土地使用权，然后再以出让方式为经营性建设项目设立国有土地使用权。显然，两种建设项目国有土地使用权取得方式不同，其拆迁地上物的拆迁补偿标准也应有所区别。

    笔者认为，公益性建设项目适用房屋拆迁补偿的标准应同土地使用权征收补偿标准相统一。学界虽然对征收补偿的理论基础和补偿标准存在不同学说，但是这些学说的主要观点还是趋于一致的，即：土地征收人应向被征收人足额补偿因土地征收给被征收人造成的直接损失（主要指由于征收所引进被征收人的房地价值损失）和因土地征收所引起的土地征收时已经造成的间接损失。相比较而言，基于经营性建设项目土地使用权取得行为而发生的补偿问题，则由于其投资具有营利性，其补偿不应只及于被拆迁人的直接损失，而应给予被拆迁人所受一切损失包括全部间接损失的充分补偿。

    二是征收城市国有土地使用权和集体土地使用权过程中所发生房屋拆迁补偿的补偿原则未能统一。如上文所述，国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或者征用并给予补偿。该补偿在国有土地使用权的征收上，体现为城市房屋拆迁补偿，而集体土地使用权的征收方面，则体现为集体土地使用权的征收补偿。根据《城市房屋拆迁管理条例》第二十四、三十一、三十二、三十三、三十四条的规定，拆迁人应按照合理补偿的原则，向被拆迁人补偿被拆迁房屋的市场评估价值，对被拆迁人造成其他损失的，拆迁人要支付搬迁补偿、停业损失补偿等费用。存在设备搬迁的，被拆迁人还可以请求设备搬迁补偿。在城市房屋拆迁补偿中，国有公房的承租人同样具有独立的请求拆迁补偿地位，承租人可以按照有关规定，请求拆迁人支付拆迁补偿费用总额的80%.根据上述论述可总结出我国城市房屋拆迁补偿的两项原则：一是给予城市国有土地使用权人以独立的拆迁补偿请求权，二是拆迁补偿额的计算方式是市场评估。

    相比较而言，集体土地使用权的征收补偿则较为复杂。不仅包括集体土地上房屋的拆迁补偿，而且包括集体耕地的征收补偿。因为后者是集体土地征收的主要类型。故笔者以其为例加以分析。根据我国《土地管理法》第四十七条规定，征收集体耕地发生的费用补偿包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物补偿等，计算该征收补偿费用的方法是按照过去三年被征收耕地年产值的倍数确定。此外，《土地管理法》并未赋予集体土地使用权人以独立的补偿费用请求权，而仅在《土地管理法实施条例》第二十六条规定：“土地补偿费归农村集体经济组织所有，地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。”至于土地补偿费如何在集体经济组织与包括集体土地承包经营权人在内的集体土地使用权人间分配，分配比例是多少，均缺乏法律的明确规定。相比较城市房屋拆迁补偿的原则，集体土地征收补偿的补偿费用计算方法和土地使用权人的补偿地位均有较大差异，这些差异导致集体土地征收补偿中，农村集体土地使用权人的权益被严重忽略。农民的合法权益不能得到法律的周延保护。因而如何将国有土地征收补偿和集体土地征收补偿统一在共同的征收补偿原则之下，是未来完善公益性建设项目拆迁立法的重要内容。