原告（反诉被告）中铁十局集团有限公司[原济南铁路工程（集团）有限责任公司]，住所地：山东省济南市天桥区X街X号。
法定代表人程某某，该公司董事长。
委托代理人赵某某，该公司淄博工程某司职员。
委托代理人高建军，山东德衡律师事务所济南分所律师。
被告（反诉原告）贵州省铜仁市第二建筑工程某司，住所地：贵州省铜仁市X路X号附X号。
法定代表人范某，该公司经理。
委托代理人罗某某，该公司职员。
委托代理人刘清，锦江河律师事务所律师。
第三人（反诉）贵州省石阡县双益实业有限公司。
法定代表人肖某某，该公司经理。
原告中铁十局集团有限公司诉被告贵州省铜仁市第二建筑工程某司铁路建设工程某工合同纠纷一案及原告贵州省铜仁市第二建筑工程某司诉中铁十局集团有限公司、第三人贵州省石阡县双益实业有限公司拖欠工程某、劳务、机械设备租赁合同纠纷一案，经最高人民法院（2004）民立他字第X号的通知，指定本院对上述两案合并审理。本院受理后，依法组成合议庭，于2005年2月19日在本院法庭公开开庭进行了审理。中铁十局集团有限公司委托代理人赵某某、高建军，贵州省铜仁市第二建筑工程某司委托代理人刘清到庭参加了诉讼；经本院公告送达开庭传票，第三人贵州省石阡县双益实业有限公司未在指定期限到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告中铁十局集团有限公司诉称，2001年初，我公司承建渝（重庆）怀（怀化）线31标段x＋850～x＋555铁道工程，其中途经贵州省铜仁市x＋850～x＋800段由我集团公司所属分公司淄博工程某司组织施工，铜仁项目经理部具体实施。2001年4月27日，我淄博工程某司（甲方）与被告（乙方）签订施工合同，将x＋850～x＋800段路基工程某托被告施工。承包范某是，路基土石方的挖、运、填，填土路基的基底清理杂物、压实，土方摊平、碾压，边坡整修；土方路堑部分的开挖及整修边坡；石方路堑部分的爆破（包括设备、器材、人工等），坡面整修等内容。承包内容及价款是，土方施工包括挖土、运土、路基填筑、弃土等内容；每立方米土方指从指定的路堑处挖出，运到指定的路基填筑处，并摊平、碾压到标准（甲方及监理部门确认合格）或者运到指定的弃碴场，运距均在两公里之内。石方施工包括爆破、运输、填筑路基、弃碴、修整石质路X路基边坡等内容；每立方米土方指从指定的路堑处挖出（爆破施工），运到指定的弃碴场，运距均在两公里之内，所有爆破器材费用已包括在释放单价中。土方施工4.00元/M3，石方施工13.00元/M3。工期约定是，2001年6月1日开工至2002年8月1日竣工。违约责任约定是，如因乙方原因未能按期完工，每延误一天按工程某价的1‰进行罚款，工程某期超过二十天或严重影响甲方总工期时，甲方有权将乙方未完工程某托他人承担，其损失由乙方负责。如因甲方原因影响工期者，工期相应顺延。合同还相应约定了工程某量、结算办法及付款方式、材料及设备供应、施工安全、纠纷解决办法及其他条款。其他条款约定，土石方必须按设计断面及甲方的要求施工，数量以双方实测为准。2001年12月29日(合同上写为2001年5月15日)甲乙双方签订了补充合同，主要约定：(1)工程某调减。由原x＋850～x＋800段路基工程某减为x＋314～x＋800段路基土石方及改路土石方工程，(2)土石方单价调增。土方单价增加3.50元/M3，即由原合同的4.00元/M3调增为7.50元/M3；石方单价增加0.50元/M3，即由原合同的13.00元/M3调增为13.50元/M3。且明确注明土石方单价为综合单价，其中包含整修路基面单价0.50元/M2，石质路堑边坡整修单价0.50元/M2；路堤边坡及土质路堑边坡整修单价1.00元/M2。(3)工期调整为2001年6月1日开工至2002年4月1日竣工。(4)其他条款中同样明确约定,土石方必须按设计断面及甲方的要求施工，数量以双方实测为准。2002年6月6日，针对乙方未能按期完成合同约定工程某量，且剩余工程某巨大情况，双方又签订协议书，再次调整了工程某目内容：(1)甲方将x＋100～x＋485段深堑变更增加的改移公路土石方部分交由乙方施工；(2)乙方同意将x＋188～x＋800段路基土石方及改路土石方的剩余工程某由甲方收回后，另行委托他人施工。甲乙双方对乙方已干工程某进行了收方，确认路基部分为土方4268.9M3，石方为7801.8M3，改路部分土方为619.7M3，石方为1453.1M3。该数量直接进乙方工程某算，不再发生数量争议。(3)对由乙方继续施工部分，乙方必须合理组织，严格按照规范某工，确保6月底前完工交验；如完不成该工期，甲方届时将严格执行原合同及补充合同的有关规定。
我淄博工程某司严格履行了合同条款约定的应尽义务，如期进行了技术交底、分期验工计价、工程某项支付、工程某算、材料供应工作，无违约现象发生。被告在履行合同方面出现了严重的违约行为。主要是：(1)合同约定所承担的工程某务未能按合同约定工期2002年4月1日竣工完成，先后出具和签订的工期承诺责任状同样未能兑现。工程某期后乙方没有采取积极的补救措施加大施工力量投入完成应完工程某务，而是在未完剩余工作量巨大的情况下，擅自于2002年8月9日停工，且停工后乙方拒绝交出未完工程，自己不干，也不让甲方组织队伍另行施工；在2002年9月10日出具了自动退出申请后，又于2002年10月7日出具工程某置函，妨碍甲方采取措施补救。此期间甲方为使乙方交出未完工程某多次与之协商没能解决，后又向当地市政府支铁办及司法局汇报求解，方于2002年10月14日由济南铁路X路工程某设指挥部组织、铜仁市政府支铁办主任参加召开的双方专题会议获解。乙方的严重逾期违约，给甲方确保2003年4月27日～5月4日渝怀铁路总指挥部要求铺架通过该段总工期目标的实现带来了巨大的困难和经济损失。因其路堑巨量土石方未完，后序工程某法施展，只得在冬季进行抢工建设方可保证总指挥部要求铺架通过该段总工期目标的实现，直接加大了工程某费，乙方应对其违约行为及后果负完全责任，依照合同约定条款支付违约金和赔偿甲方损失。(2)乙方擅自停工期间无理取闹，乱挂宣传牌，乱写宣传标语，严重损害了甲方名誉，给甲方造成了十分不利的负面影响。(3)因乙方施工工艺不当，致使路堑边坡质量不符合要求，其返工维修支出应由乙方承担。(4)甲方已按双方所签订的合同（含补充合同、协议等）约定条款及2002年10月14日会议纪要，依据2002年10月15日双方共同对乙方实际完成土石方工程某进行的实测数及双方协商确定的内容，于2002年10月29日对乙方所施工的全部土石方工程某行了清算，清算总价值为x.00元。而我方实际预付乙方工程某是119万余元，乙方应返还超额预付的工程某。
综上所述，依据《民法通则》和《合同法》的有关规定，要求被告承担违约责任，支付逾期违约金x.96元；支付剩余未完工程某工、路堑边坡整修损失x.80元；返还原告超额预付的工程某x.40元，合计x.16元，并承担诉讼全部费用。
被告贵州省铜仁市第二建筑工程某司辩称，首先，原告作为工程某包人将工程某包、转包他人，其渔利的行为违反了法律法规禁止将工程某包、转包的规定。因此，原告与被告签订的工程某包合同及附属合同或协议是无效的，其提出的诉讼请求是不受法律保护的；其次，原告是根据被告工程某度按月、季编制结算资料，作为原告向被告拨付工程某的依据，根本不可能存在原告所说的超付工程某问题；再次，被告在施工期间没有违约行为，拖延工期是因为原告分包的工程某款压的太低，经被告不断提出，原告后调增了价格。所以，造成工期拖延也是原告的责任；再次，原告在诉讼请求中计算的违约金重复，违约金已大于损失费。
原告在本院举证期限内提交了以下证据材料：(1)2001年4月27日原、被告双方签订的工程某工合同；2001年5月15日原、被告双方签订的工程某工合同（补充）；2002年6月6日原、被告双方签订的协议书；截止2002年5月10日被告对x＋390～＋800段路基工程某方确认的已完工程某；被告向原告出具的测量承诺；2002年10月14日济南铁路X路工程某设指挥部、铜仁市政府支铁办和原、被告双方参加召开的就原、被告双方关于工程某工问题的专题会议形成的会议纪要。(2)被告于2002年9月10日出具的退出施工、解除施工合同的申请；被告于2002年10月7日出具的工作成果留置函。(3)原告向被告支付工程某付款凭证。(4)工程某(清)算单及验工计价通知。(5)2002年10月15日对已完工程某实测和未完剩余工程某实测原、被告双方签认记录；2002年10月30日原告向被告送达对被告完成土石方工程某制的清算书函及工程某算单明细；被告要求补偿说明、结算汇总计算及原告的答复。(6)原告与福建省平谭县第四建筑工程某限公司于2002年10月26日就渝怀线31标段x＋734～x＋492.35段路基土石方、改路土石方、路X路的装砌圬工（不含天沟）、砼圬工工程某订的工程某工合同和原告与其于2003年5月8日签署的工程某算单；原告与福建省平潭县第四建筑工程某限公司于2002年10月26日就渝怀线31标段x＋250～x＋460段设计平台以上挂网喷锚路堑边坡整修存在问题所作的会议纪要。(7)原告取得承建渝（重庆）怀（怀化）线31标段x＋850～x＋555铁道工程某目的有关文件。
被告在本院举证期限内未向本院提交证据材料。
对原告提交的上述7类证据材料，被告认为已经过了举证期，属于证据失权，不予质证。但如果法院不这样认为，则质证意见是：(1)类证据中的会议纪要内容，不能反映被告有侵权行为；另外，根据合同可以看出工程某太低。(2)类证据中的工作成果留置函，不能证明被告是侵权行为。对(3)类证据没有异议。(4)类证据中反映的是工程某算单，而不是估算单，合同中也无估算验工的约定。(5)类证据中虽然反映有实测量，但已完成工程某应按铁道部的工程某格给予结算。(6)类证据中是原告与第三方的，且所涉内容未与被告协商，故与被告没有法律关系。对(7)类证据没有异议，原告有承包该工程某目的资格，但没有转包权利。
本院认为，原告在本院举证期限内提交上述7类证据材料符合最高人民法院法释[2001]X号《关于民事诉讼证据的若干规定》第三十三条关于举证时限规定，且被告已有质证意见在案。故被告关于原告证据失权的意见，本院不予采纳。原告所举(1)～(5)类证据材料中，均有原、被告的签章或其代表的亲笔签名，反映了双方当事人的真实意思表示，被告亦无相反证据反驳，应作为认定案件事实的依据。原告所举(6)～(7)类证据材料中虽无被告签章或签名，但其内容与本案事实相关，应确认其证明力。
反诉原告贵州省铜仁市第二建筑工程某司诉称，为了建设渝怀铁路，反诉原告与反诉被告于2001年4月27日签订了《工程某工合同》，工程某称为渝怀线第三十一标段(x＋850～x＋800段)路基工程。反诉原告负责该段路X路基土石方的挖、运、填、填土路基的基底清理杂物压实，土方摊平、碾压，边坡整修；土方路堑部分的开挖及整修边坡；石方路堑部分的爆破（包括设备、器材、人工等），坡面整修等内容。承包方式为包清工，双方约定结算办法及付款方式为：反诉被告根据反诉原告工程某度按月、季编制结算资料，作为反诉被告向反诉原告拨付工程某的依据。工程某工后15日内，反诉被告按双方约定的价款编制结算资料，作为反诉被告向反诉原告清算及拨款的最后依据。该工程某同签订后，反诉原告积极履行了合同规定的义务，保质保量的在工期内完成施工任务。2002年6月18日，反诉被告的铜仁项目经理部给各施工队、项目部、各科室下达“关于做好二季度结算和竣工计价通知”，要求项目部对各施工队的施工工程某价及结算工作，从6月22日开始至6月28日止，过期不侯。2002年6月28日反诉被告对反诉原告所承包工程某制了工程某（清）算单，可到至今为止，反诉被告却没有根据该工程某（清）算单给反诉原告进行工程某算。且在2002年6月28日以后的42天，反诉原告所做的工程某，反诉被告也没有给反诉原告进行竣工结算，反诉原告多次找到反诉被告要求进行工程某算，可其却以已付超为理由来搪塞推委反诉原告。现请求判令反诉被告依照双方签订的工程某工合同及工程某算单与反诉原告进行工程某算；判令反诉被告偿付反诉原告工程某x.00元及增加的诉讼请求x.00元（上山的便道工程某x.00元，放线耽误的工时费x.00元，清理路面款项x.00元,清除旧水泥墩款项8840.00元，工程某道款5200.00元，小工工时费x.00元，挖桥墩款项x.00元，借土填方款项3000.00元，2002年6月28日以后的42余天工程某x.00元，施工间接费x.00元，现场管理费x.00元，冬雨夜补贴x.00元），共计x.00元；本案诉讼费由反诉被告承担。
反诉被告中铁十局集团有限公司辩称，1.反诉原告诉我公司拖欠工程某，无事实依据。事实是我公司已先后预支给路基土石方工程某款等合计x.40元，而经双方现场测定的反诉原告实际完成工作量总值只有x.00元，不存在我公司拖欠工程某问题；相反，反诉原告应返还我公司超付的x.40元。2.反诉原告未按合同约定履行义务。合同约定2002年4月1日应全部完工，但至2002年10月15日现场实测，反诉原告尚有2.6万余方路基土石方未完工，工期严重逾期；深堑路基段边坡质量不符合合同约定要求，坡面凹凸超标。3.我公司对反诉原告已完工程某期作了估算付款，即2001年9月23日估算付款x.00元；2002年3月30日估算付款x.00元；2002年6月28日估算付款x.00元，累计估算付款x.00元。经清算，反诉原告只完成x.00元工程某，最后结算应以此作调整。
反诉原告提交了以下证据材料：(1)2001年4月27日双方签订的工程某工合同。(2)反诉被告分别于2001年12月30日、2002年6月28日和10月29日制作的三份工程某(清)算单。(3)反诉被告开出的14张派工单及证明。(4)2002年10月17日仇宝俊签字的工时单。(5)反诉原告要求反诉被告工程某算和补偿误工损失与其他事项的函、说明。(6)反诉原告制作的《结算汇总计价》。(7)落款为王海明、仇宝俊出具的证明。(8)罗某某与石华2002年5月20日签订的关于平整路面、斜坡的合同书。
反诉被告对反诉原告提交的上述8份证据材料的质证意见是：对第(1)～(2)份证据材料无异议。第(3)份证据材料为复印件，应提交原件质证。第(4)份证据材料仅是证人证言，并非派工单，不能证明是合同外的施工，不能作为合同外施工的结算依据。第(5)～(6)份证据材料只是反诉原告的单方主张，不能作为证据使用。第(7)份证据材料其内容不能反映是合同外的施工活动，且无原件核对，不予认可。第(8)份证据材料证明不了工程某，且无原件核对，不予认可。
本院认为，反诉原告所举第(1)份证据材料有反诉原告、反诉被告的签章或其代表的亲笔签名，反映了双方当事人的真实意思表示，反诉被告亦无相反证据反驳，应作为认定案件事实的依据；第(5)～(6)份证据材料，反诉被告没有否认它的存在，可作为认定案件事实的依据。第(2)份证据材料中的反诉被告于2001年12月30日制作的工程某(清)算单，在履行合同中未按此工程某(清)算单拨付款，故不能作为认定案件事实的依据。第(3)、(7)、(8)份证据材料均系复印件，无法与原件核对，不能单独作为认定案件事实的依据。第(4)份证据材料虽有反诉被告施工管理员仇宝俊的亲笔签名，但其在出庭作证的证言中明确阐明所签的“单子上的活，都在合同（约定的工程某）之内，也不属于开派工单之列”。即这份证据材料所要证明的内容已包含在2001年4月27日双方签订的工程某工合同约定的综合单价里所确定的工作项目和2002年10月15日双方共同对反诉原告实际完成土石方工程某进行的实测数及双方协商确定的内容里；也不是合同外零星工程，因“不属于开派工单之列”。综合与其他证据之间的联系，此份证据材料未能证明新的法律事实的存在，不能单独作为认定案件事实的依据。
根据上述本诉和反诉所认定的证据，推断出本诉和反诉的法律事实为：
2001年3月6日，济南铁路局和中铁第十九工程某在铁道部工程某理中心取得承建渝（重庆）怀（怀化）线31标段x＋850～x＋555铁道工程[TGF（2001）06-X号合同]。根据济南铁路局-中铁第十九工程某联合体的约定，1km以上隧道工程某中铁第十九工程某负责施工；1km以下隧道工程某其他工程某济南铁路局工程某公司[后更名为济南铁路工程（集团）有限责任公司，现更名为中铁十局集团有限公司]负责施工。经贵州省铜仁市x＋850～x＋800段路基工程，由该公司所属分公司淄博工程某司组织施工。4月27日，淄博工程某司（甲方）与被告（反诉原告）贵州省铜仁市第二建筑工程某司（乙方）签订施工合同。合同约定，将x＋850～x＋800段路基工程某包被告施工。承包方式为包清工。承包路基土石方的挖、运、填；填土路基的基底清理杂物、压实；土方摊平、碾压，边坡整修；土方路堑部分的开挖及整修边坡；石方路堑部分的爆破（包括设备、器材、人工等），坡面整修等内容。土方施工包括挖土、运土、路基填筑、弃土等内容。每立方米土方指从指定的路堑处挖出，运到指定的路基填筑处，并摊平、碾压到标准（甲方及监理部门确认合格）或者运到指定的弃碴场，运距均在两公里之内；石方施工包括爆破、运输、填筑路基、弃碴、修整石质路X路基边坡等内容。每立方米土方指从指定的路堑处挖出（爆破施工），运到指定的弃碴场，运距均在两公里之内，所有爆破器材费用已包括在释放单价中。土方施工4.00元/M3，石方施工13.00元/M3。甲方派驻工地代表高庆国对工程某度、质量进行监督；乙方派驻工地代表罗某某负责承包范某内的工程某工。工期于2001年6月1日开工至2002年8月1日竣工。如因乙方原因未能按期完工，每延误一天按工程某价的1‰进行罚款。工程某期超过二十天或严重影响甲方总工期时，甲方有权将乙方未完工程某托他人承担，其损失由乙方负责。如因甲方原因影响工期者，工期相应顺延。乙方必须按照甲方技术交底资料和国家及铁道部颁布的有关施工规范某行施工，因乙方原因造成的一切返工，均由乙方负责。甲方根据乙方工程某度按月、季编制结算资料，作为甲方向乙方拨付工程某的依据。工程某工后15日内，甲方按甲、乙双方约定的价款编制结算资料，作为甲方向乙方清算及拨款的最终依据。数量以双方实测为准。合同还约定了材料及设备供应、施工安全、纠纷解决办法及其他条款。5月15日，甲乙双方又签订了补充合同。合同主要约定，由原x＋850～x＋800段路基工程某为x＋314～x＋800段路基土石方及改路土石方工程。土方单价增加3.50元/M3，石方单价增加0.50元/M3。即调整后土方单价7.50元/M3，石方单价13.50元/M3（其中：1、整修路基面单价0.50元/M2。2、石质路堑边坡整修单价1.50元/M2。3、路堤边坡及土质路堑边坡整修单价1.00元/M2。以上三项单价已包含在土石方综合单价中）。工期调整为2001年6月1日开工至2002年4月1日竣工。甲方派驻工地代表为孙清科。2001年8月30日，乙方给甲方出具“我施工队承担的路基横断面，以你单位技术科测量为准，我施工队不测量，结算以你单位测量计算。”的书面承诺。9月23日，甲方编制第一份工程某(清)算单，本次工程某算费用为x.00元。2002年3月30日，甲方编制第二份工程某(清)算单，本次工程某算费用为x.00元，开累结(清)费用为x.00元。6月6日，根据乙方未在合同约定的2002年4月1日竣工，且剩余工程某很大的情况，甲、乙双方再次签订协议书，其内容为：(1)甲方将x＋100～x＋485段深堑变更增加的改移公路土石方部分交由乙方施工；(2)乙方同意将x＋188～x＋800段路基土石方及改路土石方的剩余工程某由甲方收回后，另行委托他人施工。甲乙双方对乙方已干工程某进行了收方，确认路基部分为土方4268.9M3，石方为7801.8M3，改路部分土方为619.7M3，石方为1453.1M3。该数量直接进乙方工程某算，不再发生数量争议。(3)对由乙方继续施工部分，乙方必须合理组织，严格按照规范某工，确保6月底前完工交验；如完不成该工期，甲方届时将严格执行原合同及补充合同的有关规定。6月28日，甲方编制第三份工程某(清)算单，本次工程某算费用为x.00元，开累结(清)费用为x.00元。9月10日，乙方提出退场申请：“二建司罗某某施工队所施工的渝怀济铁31标段路基土石方工程，剩余工程某量经甲、乙双方已核实。乙方自行退场，不再施工。由甲方自行安排施工。甲、乙双方所签订的工程某同在结算完后，合同自然终止。”10月7日，乙方向甲方送达“工作成果留置函”。10月14日，甲、乙双方和济南铁路X路工程某设指挥部及贵州省铜仁市X路建设办公室有关人员在乙方会议室召开了第三十一标段路基土石方工程某工专题会议，形成会议纪要。会议确定，渝怀线第三十一标段路基土石方工程，铜仁市第二建筑工程某司不再按与济铁工程某团淄博工程某司所签订合同（含补充合同、协议）约定工程某量继续施工，由济铁工程某团淄博工程某司重新组织施工，铜仁市第二建筑工程某司不得以任何理由妨碍施工；铜仁市第二建筑工程某司已按合同（含补充合同、协议）完成的渝怀线第三十一标段路基土石方工程某量，由双方依照所签订的合同（含补充合同、协议）条款进行结算；铜仁市第二建筑工程某司提出的合同外工程某容，双方协商处理；明天（2002年10月15日）双方对已完工作量进行测量认定。10月15日，双方对已完工程某剩余工程某进行了实测，确定完成土方x.39M3，完成石方x.9M3；确定剩余土方404.96M3，剩余石方x.4M3。双方在实测记录上作了签认。10月29日，甲方根据实测记录作出工程某算单，开累计算乙方完成x.00元工程某。12月12日，甲方针对乙方要求“2001年5月25日和2002年8月11日施工期间合同内不可预见部分产生的误工损失与其他事项要求补偿说明”和“工程某算函”作出了全盘否定的答复。双方纠纷通过协商没能调和。截止12月20日，甲方共付乙方工程某x.40元。2002年10月26日，中铁十局集团有限公司所属分公司淄博工程某司与福建省平潭县第四建筑工程某限公司于就渝怀线31标段x＋734～x＋492.35段路基土石方、改路土石方、路X路的装砌圬工（不含天沟）、砼圬工工程某订工程某工合同。11月22日，双方又就贵州省铜仁市第二建筑工程某司施工原因造成的工程某量问题达成整修协议，整修包干费用x.00元。
另查明，中铁十局集团有限公司建筑资质为壹级；贵州省铜仁市第二建筑工程某司建筑资质为叁级。
本院认为，原告（反诉被告）中铁十局集团有限公司与被告（反诉原告）贵州省铜仁市第二建筑工程某司签订的铁路建设工程某工合同、补充合同和协议，是双方当事人真实意思表示，双方当事人均有建筑资质，符合《中华人民共和国合同法》关于建设工程某同有关规定，为有效合同。对双方当事人具有法律约束力，当事人应当按照约定履行自己的义务。一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担赔偿损失等违约责任。关于被告（反诉原告）认为原告（反诉被告）违背铁道部工程某理中心关于“未经同意不得自行分包”的约定，且在分包中有转包渔利的行为，导致本案合同归于无效的辩解意见，从本案庭审调查上看，未见被告（反诉原告）出示有铁道部工程某理中心主张原告（反诉被告）违约的证据材料，原告（反诉被告）与铁道部工程某理中心签订的工程某工合同约定的事项，一方当事人是否违约，应由该合同对方当事人主张权利；从合同目的上看，双方当事人自愿签订工程某工合同以追求利益的行为，没有违反法律法规禁止性规定。签订工程某工合同目的就是双方当事人追求利益的表现。很难想象没有以利益为目的的合同的存在。因此，被告（反诉原告）关于合同无效的辩解意见，本院不予采纳。
在本诉中，双方当事人确定终止继续履行合同，确认已完工程某后，应依照《中华人民共和国合同法》遵循诚实信用原则，按合同的约定计算确定工程某款。本案合同约定土方综合单价7.50元/M3，石方综合单价13.50元/M3。原告2002年10月29日根据实测记录（完成土方x.39M3，完成石方x.9M3）作出的开累计算x.00元工程某款的工程某算单，符合双方当事人签订的工程某工合同的约定，符合遵循诚实信用原则，也符合建设部[2001]X号《建筑工程某工发包与承包计价管理办法》第五条第（二）项规定的计算方法。原告据此主张返还超付工程某的诉讼请求，于法有椐，本院应予支持。原告在履行合同中已付被告工程某x.40元，与工程某算单开累计算出的x.00元工程某款超出x.40元，被告应予返还。原告的超付工程某行为，反映出原告经营管理不善，其对酿成本案纠纷应负相应责任。由于被告未按合同约定按期完工，中途退出施工，致使合同目的没有实现，显属违约。依照《中华人民共和国合同法》第一百一十四条“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金”的规定，按照合同约定，被告还应承担支付违约金的责任。该合同设立违约金的约定，符合合同法有关规定，本院予以支持。但原告在分段计算违约金中有误。因双方当事人约定2002年4月1日竣工而到期未完工，违约时间从应竣工期的次日起算至2002年6月6日；2002年6月6日又对工程某同的完工时间重新约定为6月底完工，违约时间从应完工期的次日起算至被告申请退出工程某工时止。所以，违约时间的期限应以此作界定。即从2002年4月2日至2002年6月6日为一时段，2002年7月1日至2002年9月10日为一时段，工程某量乘以违约天数乘以1‰，等于违约金。
原告关于因深堑路基段边坡质量不符合合同约定要求，坡面凹凸超标，仅以与第三方福建省平潭县第四建筑工程某限公司签订有工程某量问题整修协议，没有原告（反诉被告）与被告（反诉原告）的确认或其他有资质的工程某量鉴定机构作出的工程某量鉴定报告作依据，即主张被告存在工程某量问题，应承担路堑边坡整修损失x.80元的诉讼请求，因提交的证据不足以证明被告所施工的工程某量不符合合同的约定，本院不予支持。
在反诉中，反诉原告请求判令反诉被告依照双方签订的工程某工合同及工程某算单与反诉原告进行工程某算；判令反诉被告偿付反诉原告工程某x.00元的诉讼请求，根据本案认定的证据，反诉被告已于2001年9月23日、2002年3月30日和6月28日编制了三份工程某(清)算单，开累结(清)费用为x.00元，即反诉被告已经与反诉原告进行了工程某算。反诉原告诉反诉被告拖欠工程某无事实依据的辩论意见，本院予以采信。反诉原告诉请反诉被告进行工程某算是不符实际的，本院不予支持；反诉被告于2002年10月29日根据实测记录（完成土方x.39M3，完成石方x.9M3）作出的开累计算x.00元工程某款的工程某算单，是依据已完土石方工程某乘以土石方单价得出的结算结论，符合双方当事人所签订的工程某工合同的约定。反诉被告关于2001年9月23日、2002年3月30日和6月28日编制的三份开累结(清)费用为x.00元的工程某(清)算单，在没有验工的情况下就开出工程某(清)算单，是根据工程某度估算拨付工程某的辩论意见，是有据可查的，本院予以采信；反诉原告编制的“结算汇总计价”，以设计总量减去实测的剩余方量乘以土石方单价所得出已完工程某量及相应得出的工程某x.50元的计算方法，与双方当事人所签订的工程某工合同“数量以双方实测为准”的约定不符。因此，反诉原告关于判令反诉被告偿付反诉原告工程某x.00元的诉讼请求，本院不予支持。反诉原告关于增加x.00元的诉讼请求，其一，双方当事人所签订的工程某工合同、补充合同及协议未约定其所主张的内容，该诉讼请求缺乏证据基础。其二，所提交的证据材料均为复印件，无法与原件核对，不能单独作为认定案件事实的依据。因此，反诉原告的诉讼请求没有证据证明其事实主张，所提交的证据材料也不足以证明其事实主张。根据《中华人民共和国诉讼法》第六十四条“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据”和最高人民法院法释[2001]X号《关于民事诉讼证据的若干规定》第二条第二款“没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果”的规定，反诉原告的诉讼请求，本院难以支持。
在诉讼中，原告（反诉被告）不同意与被告（反诉原告）进行调解。
综上，根据最高人民法院“关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的意见”第159条和依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十八条、《中华人民共和国民法通则》第一百零六条第一款、第一百一十二条、第一百一十二条第二款及《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百一十四条之规定，判决如下：
一、本诉被告返还本诉原告多支付的工程某x.40元。
二、本诉被告支付本诉原告工程某约金x.33元。
三、上述本诉被告应支付本诉原告款项，应在本判决生效后十日内一次付清。若逾期给付，按中国人民银行规定的同期流动资金贷款利率加倍支付迟延履行期间的债务利息。
四、驳回本诉原告其他诉讼请求。
五、驳回反诉原告全部诉讼请求。
六、对第三人（反诉）贵州省石阡县双益实业有限公司的诉讼请求，按自动撤诉处理。
七、案件受理费x.45元（本诉x.73元，反诉x.10元，第三人x.62元），本诉原告负担5758.45元，本诉被告负担6290.28元；反诉原告负担x.10元；第三人负担7570.81元。其他诉讼费5390.00元，本诉原告承担2000.00元，本诉被告承担2000.00元，第三人承担1390.00元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起15日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于成都铁路运输中级法院。
违约金计算方法：
第一时段违约期间，2002年4月2日---2002年6月6日计64天。
公式（已完工程某款）+（未完工程某款）=工程某价
工程某价款×违约天数×违约金率=违约金
根据2002年6月6日的协议确定的数字：
已完工程某（土方）4268.9+619.7=4888.6
已完工程某（石方）7801.8+1453.1=9254.9
未完工程某（土方）4466.7+1835.7=6302.4
未完工程某（石方）x.3+7961.9=x.2
工程某量（土方）4888.6+6302.4=x
工程某款（土方）x×7.50=x.50
工程某量（石方）9254.9+x.2=x.1
工程某款（石方）x.1×13.5=x.85
工程某价（土方）+（石方）x.50+x.85=x.35
x.35×64天×1‰=x.04元
第二时段违约期间，2002年7月1日---2002年9月10日计69天。
根据2002年10月14日的实测记录确定的数字：
已完工程某（土方）x.39-4888.6=x.79
已完工程某（石方）x-9254.9=x.1
未完工程某（土方）404.96
未完工程某（石方）x.4
工程某量（土方）x.79+404.96=x.75
工程某款（土方）x.75×7.50=x.13
工程某量（石方）x.1+x.4=x.5
工程某款（石方）x.5×13.5=x.75
工程某价（土方）+（石方）x.13+x.75=x.88
x.88×69天×1‰=x.29元
总违约金x.04+x.29=x.33元
本案引用的法律条文及司法解释：
1.《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十八条：
法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
2.最高人民法院“关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的意见”第159条：
有独立请求权的第三人经人民法院传票传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的，可以对该第三人比照民事诉讼法第一百二十九条的规定，按撤诉处理。
3.《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十九条：
原告经传票传唤，无正当理由拒不到庭的，或者未经法庭许可中途退庭的，可以按撤诉处理；被告反诉的，可以缺席判决。
4.《中华人民共和国民法通则》第一百零六条第一款：
公民、法人违反合同或者不履行其他义务的，应当承担民事责任。
5.《中华人民共和国民法通则》第一百一十二条第二款：
当事人可以在合同中约定，一方违反合同时，向另一方支付一定数额的违约金；也可以在合同中约定对于违反合同而产生的损失赔偿额的计算方法。
6.《中华人民共和国合同法》第一百零七条：
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
7.《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第一款：
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
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