原告上海某某建设（集团）有限公司(以下简称：某某公司)诉被告上海某某月电容器有限公司(以下简称：某某公司)建设工程合同纠纷一案，本院于2008年9月27日受理后，依法组成合议庭，公开开庭进行了审理。诉讼中本院依法追加上海某某彩板房制造工程有限公司（以下简称：某某公司）以及蒋某某作为本案的第三人。原告某某公司的委托代理人吴辰、黄某杰，被告某某公司的委托代理人王炜、徐廷廷，第三人某某公司委托代理人单光跃，第三人蒋某某，本案鉴定人上海文汇工程咨询有限公司(以下简称文汇工程公司)的造价工程师王晓琦、郝彩霞以及同济大学房屋质量检测站(下文简称同济大学监测站)赵鸣到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告某某公司诉称，2005年3月6日，原告某某公司通过投标的方式承建被告某某公司的基建项目。中标后，原、被告双方于2005年4月16日在被告会议室签订了《建设工程施工合同》（下文简称《施工合同》），后原、被告为更好的实施合同各项条款，双方于2005年5月8日又签订了《施工补充合同》（下文简称《施工补充合同》）。施工补充合同中对工程造价、履约保证金、工程款的支付、结算办法等都做了具体的规定。之后原告按约支付了x元的履约保证金。原告承建的该项目于2005年6月12日正式开工，在工程施工期间，原告与被告于2005年10月27日就幕墙工程部分又达成了《补充合同幕墙工程部分》（下文简称《幕墙补充合同》）约定幕墙工程的造价为x.23元。现基建项目已于2006年12月20日竣工，2006年12月21日经验收合格，其中的厂房工程在竣工后获得了上海市金属结构行业协会颁发的“金刚奖”。该工程现早已交付被告使用。根据原、被告双方合同约定的工程价款结算方式，原告承建的被告公司基建项目的总造价为x元。施工补充合同第三条第5款的约定，被告应于工程竣工验收合格后的半个月内支付结算工程总造价的70％，即x元，但到目前为止，被告仅支付了原告工程款x元，还不到工程总造价的66％。余款的三分之一，在房产证领出后30天内支付，其余次年按每年三分之一分两年付清。现被告已经于2007年4月21日领出房产证，同时余款的另外三分之一也已经到支付期限，即被告应当支付余款的三分之二共x元给原告，但到目前为止被告也没有支付。原告多次催促被告支付剩余工程款，被告均以各种理由拒不支付。故原告诉请本院判令被告支付剩余工程款x元及逾期付款利息x元（其中x元从2007年1月6日起暂计算利息至起诉日止的利息x元；x元从2007年5月22日起暂计算利息至起诉日止的利息x元。以上两项利息的计算均按照中国人民银行发布的同期贷款利率计算）；被告返还原告履约保证金x元并赔偿原告该款项的利息损失x元（从2007年1月6日起暂计算至起诉日止，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算）；被告赔偿因路面返工给原告造成的经济损失x元。
被告某某公司辩称，被告的付款条件不具备，《施工补充合同》第三条第5款约定了本工程的总价待工程验收合格审计结算后半个月内支付，但原告方至今未确定审价结论，等于审价未结算好，所以双方的工程款还未确定，被告的付款条件未具备应该以双方共同确定审价报告为前提条件；原告要求被告返还履约保证金和利息的条件不具备，原告在2007年就同样争议向法院提出诉讼，在该生效的判决书中要求原告对工期和质量问题进行处理，原告方至今未处理，所以被告返还保证金的条件未具备；不存在原告所称的路面返工的事实。据此，被告某某公司请求本院依法驳回原告某某公司的全部诉请。
同时，某某公司作为反诉原告向某某公司提起反诉称，为了承接某某公司基建项目，2005年3月6日，某某公司向某某公司提交了承接该项目、工程报价为人民币x元的预算文件。2005年4月16日，双方根据该报价签订了《施工合同》。2005年5月8日，某某公司以x元的工程造价签发了《中标通知书》。同日，双方签订施工补充合同1份，增加了施工项目的工程量。按照2005年4月30日《会议纪要》约定，双方一致同意将正式开工时间定为2005年5月12日，竣工日是2005年11月10日。但工程开工后，某某公司疏于项目管理，项目经理与技术负责人到岗率不到90％，导致该施工项目直至2007年3月9日才交付给反诉原告使用，工期被反诉被告延误了462天。为此，某某公司在交付前靠租用厂房从事生产，造成租金损失，同时被监理单位索赔监理费损失。另外，某某公司在施工中偷工减料，在2007年3月9日交付项目时被反诉原告检得大量的质量问题存在，但某某公司没有修理，2007年7月24日更是发生了钢结构断裂、错位的质量事故。上述情况发生后，某某公司多次要求某某公司尽快修复，并要求某某公司对工期延误和质量问题所引起的所有损失给予赔偿，但是某某公司拒绝修复并赔偿某某公司的经济损失。故据此，某某公司作为反诉原告提起反诉要求法院判令反诉被告某某公司支付工期延误罚金x元（开工日期为2005年5月12日，竣工日期为2007年3月9日，推迟竣工462天，按每延误一天罚5千元的标准计算，累计罚款不超过总工程款额3％，现明确为x元）；支付项目经理与技术负责人不到岗率罚金人民币x元（某某公司的项目经理以及技术负责人到岗率不足施工补充合同的约定，按合同约定，按每天1千元，共计654天进行罚款）；承担监理赔偿x元（因工期延误，现监理公司发函，要求某某公司支付增加的监理费x元）；赔偿经济损失x元（具体包括：某某公司已经支付给浙江科佳工程咨询有限公司的审价费x元；某某公司委托其他施工单位已经修复的工程费x元；质量鉴定报告确定的工程质量问题所导致的工程修复费用x元。）
诉讼中，某某公司撤回其反诉请求，另案提出诉讼请求。
诉讼中，某某公司和某某公司、蒋某某确认，本案工程由某某公司总包后，除幕墙工程由某某公司分包给案外人实际施工外，剩余的工程由某某公司转包给某某公司，某某公司实际完成了钢结构部分的施工，剩余的土建安装部分的工程某某公司分包给蒋某某并由蒋某某实际施工。
经本院审理查明，2005年3月6日，原告某某公司通过投标的方式承建被告某某公司位于上海市金山工业区X路X号的基建项目，中标后原、被告双方于2005年4月16日签订《建设工程施工合同》。该合同约定，某某公司承包的工程范围为某某公司提供的全套施工图纸内容。开工日期为2005年4月28日（具体开工日期以开工报告为准），竣工日期为2005年10月28日，合同工期总日历天数为180天。工程质量标准达到一次性验收合格、争创“金刚奖”，合同价款为x元，付款方式为开工前，预付工程款的10%做备料款，工程施工期间承包人某某公司应在当月25日前提供工程完成工作量报表，某某公司每月25日按已完工量，在下月5日前支付核算后的工程量的70%，保留金的提留例为总价的5%。双方约定结算按93定额价与上海材料信息价组价（材料信息价取价：开工后60天的平均价。）双方约定工期顺延的其他情况，按通用条款“13”条执行。同时，该合同还约定了某某公司派驻的工程师为朱潜，监理单位委派的工程师为周正安以及其他事项。某某公司和某某公司双方均确认本案工程的监理单位为上海建腾建筑工程监理有限公司（以下简称建腾公司）。2005年5月8日某某公司向原告签发了中标价为x元的工程中标通知书。
2005年5月8日作为乙方的某某公司和作为甲方的某某公司就本案基建项目又签订了《施工补充合同》。某某公司和某某公司通过《施工补充合同》对《施工合同》进行了变更和修改。该合同约定工程造价暂估x元。该合同并做如下约定：
关于履约保证金。某某公司承诺交付的履约保证金为x元（合同价10%）在合同签订前汇抵某某公司的账户；履约保证金中质量保证部分待工程竣工验收通过后15天内，某某公司退还质量保证金；本工程工期确保180日历天，工期发生延误按每天罚5千元，累计罚款不超过总工程款的3%。
关于工程款的支付。第一次进度款在厂房基础完成后（经甲方、监理确认3天内）支付已完成工程量70%，（基础工程的质量以质检站报告为准）。后某某公司在每月25日前提供当月已完工程及下月计划工程量报表，某某公司以审核后的工作量的70%在次月5日前支付工程款；……工程施工过程中发生增加的工程费用，不纳入当月进度付款范围，在工程结算时再计入工程总造价内；本工程的工程总款待工程竣工验收合格，审计结算后半个月内付至结算工程总造价的70%，余款的三分之一在房产证领出后30天内支付。其余次年按每年三分之一分二年付清(不计算任何利息及相关费用)。保修金按施工合同支付。
关于质量、安全施工。乙方确保本工程一次性验收合格。某某公司将申报钢结构“金刚奖”。……
关于结算方法。1工程量按设计图纸计算后包死，以后除设计变更（包括甲方要求变更）工程量不作调整。日后如因发现漏项、错项，均由某某公司自行负责。（1）土建打桩、基础，如地址条件需增减工程量时，施工方法根据原始记录办理隐蔽工程签证，经监理审核工程量再按实调整；（2）土建钢筋砼结构，砖砌体，一般粗装修均按设计图纸计算工程量包死；（3）土建精装修：门窗、地面砖、墙面体、平顶按某某公司通知单按实际完成量计算；（4）钢结构按现有设计图纸计算工程量包死，如原设计图纸经某某公司优化设计并经设计院认可后，其降低造价部分，某某公司可分成50%；（5）水电安装，按实际完成工程结算，某某公司应办好隐蔽工程验收，经监理审核工程量；（6）室外工程因设计图纸不全，先暂定价，待设计图纸出来后按设计图计算工程量。按合同规定计算价格。2、本次材料价格结算按上海93定额及单位估价表等有关规定及2005年月材料信息价认定。采取开工后60天材料信息平均价进行计算与结算。3、凡设计变更（包括甲方要求变更）增加的项目，原投标书没有可用固定单价参照上条计算方法另行组价，经某某公司确认后作结算依据。4、本工程类别划分：门卫、室外工程（土建）定为四类。（安装）定为三类，其余（土建、安装）定为三类。5、本工程结算价按总价土建下浮16%、安装下浮18%结算。
关于设备材料。…2、本工程玻璃幕墙现为暂定价，由某某公司委托某某公司设计单位设计，设计费由幕墙施工单位负责，幕墙价格另行商定。…
关于分包工程。除甲方认定的单项分包工程外，某某公司不得以任何理由对外分包其他分项工程。…
关于设计变更。由于各类变更引起工程造价的变动，均以甲方签证为准。…
关于某某公司现场管理，1、某某公司认定某某公司派遣的项目经理丁勇，技术负责人陆光爝，在施工过程中某某公司不得任意更换。2、某某公司对项目经理与技术负责人实行每日到岗考核制，到岗率不得低于现场施工日历天90%，到岗率未达到按每天一千元罚款。…
2005年10月27日作为乙方的某某公司和作为甲方的某某公司就本案基建项目中的幕墙装饰施工分项签订了《幕墙补充合同》。该合同约定内容如下：
关于承揽工作范围。根据某某公司提供的上海某某月电容器有限公司新建厂房建筑工程设计图，由某某公司进行幕墙的设计制作，在工地现场进行安装。
关于制作、安装期限。某某公司确保至2005年12月28日幕墙分项工程全部安装结束。对以下原因造成工期延误的，经监理、某某公司确认后工期可相应顺延：1、项目内容变化和设计变更。2、非某某公司原因停水、停电连续8小时以上或一个月内停水、停电影响工作日累计三次。3、不可抗力。4、合同中约定甲方同意顺延的其他情况。5、因资金未能如期到位，工期相应顺延。
关于造价及结算。1、确定综合单价的分析表中的加工费、安装费。2、确定综合单价固定费率不高于12.14%。3、在让利的基础上双方达成协议价为人民币x.23元。4、合同价款调整因素：某某公司采购材料、制作安装中发生的图纸变更以及配件、原材料的改变等。某某公司将调整原因、金额以书面形式通知甲方及监理,某某公司及监理确认调整金额后作为追加合同价款，与合同价款同期支付。如某某公司收到乙某某公司通知14天内不予确认也不提出修改意见，视为已经同意该调整。
关于付款方式。本幕墙分项进度款与总合同即2005年5月8日《施工补充合同》支付相同。某某公司在本补充合同签订后支付人民币五万元整，作本幕墙分项的预付款。
关于违约责任。1、某某公司幕墙装饰分项逾期竣工，每逾期一天，承担幕墙装饰分项造价万分之二的违约金。（总进度逾期竣工按2005年5月8日《施工补充合同》执行）。2、某某公司逾期付款，每逾期一天，承担逾期部分价款万分之二的违约金，工期相应顺延。3、某某公司施工的幕墙工程质量达不到标准的要求，某某公司应承担因此而引起的所有损失费和返工费。4、因某某公司的原因致使项目中途停建、缓建，某某公司应当采取措施弥补或者减少损失，赔偿某某公司因此造成的停工、窝工、倒运、机械设备调迁、材料和构件积压等损失和实际费用。5、在某某公司价款全部付清之前，某某公司对制作安装的幕墙产品享有所有权，在交付验收前承担对产品的保护责任。
该合同还约定，工程配合费及相关费用（三性试验等）均包含总价内，由某某公司承担。本合同综合单价已包含相关费用（配合费、脚手架、用水用电等）。该合同还就技术要求、设计变更各方职责和义务等其他事项进行了约定。
2005年4月30日，某某公司、某某公司签署了《2005年4月30日会议纪要》（以下简称：4月30日会议纪要），该会议确认，双方经认真协商，一致同意正式开工日期为2005年5月12日，竣工日期是2005年11月10日。
某某公司于2005年4月7日通过向某某公司的上海市X村信用合作社账户入帐的形式，交付履约保证金x元。某某公司至今未向某某公司返还该履约保证金。
原告某某公司于2005年5月12日开始开工施工。
在施工期间，监理单位建腾公司于2005年5月至2007年3月一直对某某公司派遣的项目经理丁勇、技术负责人陆光爝进行考勤，并在考勤表上盖建腾公司现场监理机构X号章。由于原、被告及监理单位并未就某某公司的项目经理和技术负责人的考核形式作出约定，且该考勤表为建腾公司单方制作，并未得到某某公司的认可，故该考勤表不能证明某某公司项目经理及技术负责人的到岗情况。但是该考勤表证明了建腾公司在本工程中从2005年5月至2007年3月均存在使用X号章的情况。
在施工期间，应某某公司的要求，某某公司于2006年3月29日收到某某公司的技术核定单，要求将厂区X路改为沥青道路及三渣基层，故某某公司将已敷设的永久基层重新挖出并进行重新建造，某某公司因此路面返工导致一定经济损失。建腾公司就此情况于2006年3月30日在工作联系单上盖现场监理机构X号章并有夏梦权给予签字确认。
原被告均在竣工报告上签章确认本案工程于2006年10月10日竣工，本案工程的各分项工程均经原、被告及监理单位、设计单位验收合格，于2007年1月16日由上海市金山区建设和交通委员会对本案工程出具建设工程竣工验收备案证书，于2007年1月23日办理出房产证。
2007年2月25日某某公司给某某公司发送一份函件，该函对某某公司所作的结算报告表示不同意，并推荐浙江省科佳工程咨询有限公司（以下简称科佳公司）为本工程的审价决算单位。某某公司于2007年4月20日在该函件上签章确认，并表示同意科佳公司为本工程的审核单位。某某公司为此分别于2007年8月3日以及2008年11月7日向科佳公司总计电汇给科佳公司审价费x元，并由科佳公司出具两张发票给予证明。科佳公司于2008年2月19日对本案工程出具一份结算书，具体结果如下：本案工程总造价为x元，其中土建工程x元；安装工程x元；幕墙工程x元；扣增加小应变测试费用负x元。某某公司对科佳公司出具的该结算书不予认可，拒绝在该结算书上签章确认，故该结算书实际并未发生法律效力。诉讼中某某公司表示由于某某公司拒绝认可，其也不以该结算书为准处理双方的工程款纠纷。
2007年3月9日，某某公司、某某公司以及代表监理单位的周正安、夏梦权以及某某公司、蒋某某、秦阳、沈雪飞等签署了《2007年3月9日皓月工程现场会议纪要》（以下简称：3月9日会议纪要），该会议明确2007年3月9日本案工程已经完成竣工交接，并就其中未整改完毕的内容、其它未修缮的项目、工程结算等内容作出约定。
2007年3月26日至4月23日，某某公司对本案工程的部分质量问题进行了维修，并由朱潜、陆卫明等代表某某公司签署两份工程保修回访单以及6份维修清单。
某某公司于2007年6月11日和7月11日两次向某某公司发出催款函，请求某某公司支付工程款以及返还履约保证金。
2007年8月14日，某某公司向本院起诉请求判令被告某某公司归还履约保证金x元，某某公司以工程质量存在问题及工期拖延问题未解决为由，请求法院驳回原告某某公司的诉请。本院经审查，认为工程钢管支撑断裂问题以及延误工期问题均未处理，某某公司请求某某公司退还履约保证金条件未具备，并于2008年1月7日做出（2007）金民三（民）初字第X号民事判决书，依法驳回某某公司诉请。该判决目前已经生效。
诉讼中，某某公司、某某公司双方当事人确认截止到2007年6月被告支付原告本案工程款共计x元。
本院审理过程中，原告某某公司申请对本案基建项目中设计图纸变更部分工程造价进行审计鉴定；被告某某公司提出原约定价中按照原设计图纸原告有部分工程量未作，应予扣减，故提出对幕墙工程的实际造价进行审计鉴定。本院认为，如不对本案全部工程鉴定，争议事实不能确定。为此，2009年7月10日，根据某某公司和某某公司的申请，上海文汇工程咨询有限公司（以下简称文汇工程公司）对于本案所涉及的标的物某某公司基建项目的施工合同工程造价及该合同造价是否包括幕墙造价（固定价）进行司法鉴定，同时对本项目合同约定幕墙造价进行司法鉴定，作出文造咨【2009】司第X号司法鉴定报告，具体鉴定说明如下：1在鉴定的过程中，其发现中心厂房原合同不锈钢栏杆，现场为铁管栏杆，某某公司提出因接受了被告口头指令，施工了铁管栏杆，某某公司对某某公司的说法予以否认，此部分工程造价为x元；2、对于临时道路工作联系单，某某公司否认某某公司施工此联系单的临时道路基层重新挖出，二次铺设的工作内容，此部分鉴定造价为x元。作出的具体鉴定结论如下：1、施工合同工程造价为x元。其中中心厂房铁管扶手，审核价值x元，临时道路工作联系单，审核价值为x元。2、施工补充合同（造价x元）已经包含幕墙工程。3、幕墙工程造价为x元；钢结构造价x元；土建安装造价x元。
该工程司法鉴定报告，均经双方当事人及第三人依法质证。本院认为，由于存在某某公司于2006年3月29日收到某某公司的技术核定单要求，将临时道路基层重新挖出，二次铺设的工作内容，故该部分鉴定造价x元应计入工程总造价。中心厂房铁管栏杆和不锈钢栏杆相比，并不会造成使用上的实质性障碍，故该部分造价x元应计入工程总造价。
由于某某公司以及某某公司、蒋某某等认为存在漏项和增补项部分未计入该审价鉴定结论，并由某某公司出具《上海某某公司电容器厂工地司法鉴定书漏项、增补项核算书》，故文汇公司于2010年3月30日作出文造咨【2009】司第019-X号司法鉴定报告对于双方当事人争议部分计算出造价，由法院裁定：1、核算书中签证及增加漏项、增补项中无鉴定依据部分，因现场无法勘察且存在无法划分工作界面、隐蔽工程等不利因素，关于此部分的鉴定仅以某某公司报送数量，参照合同原则进行定额套用计算，涉及工程造价x元；2、关于核算书中室外总体部分预算书中基座坞帮部分，图纸说明穿越主要道路的管线考虑坞帮。现以pvc管道穿越主要道路的管线设置坞帮计算、室外总体考虑土方机械进出场费1台次、依据竣工图窨井，类型调整7座，增加8879元。
该工程司法鉴定报告，均经双方当事人及第三人依法质证。本院认为，扣除漏项和增补项部分，本案工程总造价为x元事实清楚。鉴于某某公司在庭审中自认涉案的建设工程即被告的厂房全部由某某公司施工，至今未有其他公司增加新的工程，故本案漏项和增补项部分如确实存在，则其由某某公司施工完成应属事实。本院注意到，该司法鉴定报告中指出的有争议部分的造价有两部分，就第一部分即核算书中签证及增加漏项、增补项中无鉴定依据部分而言，文汇工程公司虽指出涉及工程造价x元，但是其同时也指出该部分工程量“因现场无法勘察且存在无法划分工作界面、隐蔽工程等不利因素，关于此部分的鉴定仅以某某公司报送数量，参照合同原则进行定额套用计算”。由于该部分鉴定仅以某某公司报送数量为基础，既无法现场勘察，又存在无法划分工作界面、隐蔽工程等不利因素；既无鉴定依据，又得不到业主的承认。由此，该部分工程量是否确实存在、存在的具体数量及造价等均无法证实。因此，本院难以认定该部分工程造价，亦难以将该部分涉及的工程造价x元计入本案系争工程造价。就第二部分即关于核算书中室外总体部分预算书中基座坞帮部分增加工程的8879元而言，由于该部分造价系依据施工补充合同结算条款：“五、关于结算方法（6）”条之约定，一部分采用经双方签字确认的会议纪要工程数量，另一部分按竣工图计算工程量，按合同规定计算价值而成。因此，本院对该部分工程造价给以认定，并将该部分增加造价8879元计入本案系争工程造价。由此，本院认定本案工程的总造价为x元。
本案审理中，根据某某公司的申请，同济大学房屋质量检测站对本案厂区房屋进行房屋质量检测，即对房屋是否存在施工质量问题进行检测，对质量问题产生的原因作出分析，作出沪房鉴【003】证字第201008X号房屋质量检测评定报告、补充说明（附两份附图）。该补充说明确认该工程存在中心厂房二层屋架主梁垂直度中部分梁的垂直度偏差较大，最大达到35mm；二层F轴柱端点螺栓外露丝扣数均为零；有焊接缺陷的钢管支撑等一系列问题。该工程房屋质量检测评定报告、补充说明（附两份附图），均经双方当事人依法质证。原、被告均确认本案工程存在房屋质量问题，该质量问题至今未作妥善处理。
诉讼中，被告表示基于其撤回反诉，故另案处理同济大学房屋质量检测站对本案厂区房屋进行房屋质量检测所发生的鉴定费。
以上查明的事实，由原告某某公司、被告某某公司的陈述，某某公司提供的2005年4月16日《建设工程施工合同》、2005年5月8日《施工补充合同》以及2005年10月27日《补充合同幕墙工程部分》、施工中标通知书、2005年4月7日的入账证明、竣工验收备案证明和荣誉证明、皓月工程结算汇总表、上海市房地产登记册、2007年3月9日会议纪要、2006年3月29日工作联系单、工程概况、技术核定单等共六页、催款函两份、维修清单及回访联系单、上海某某月电容器有限公司基建项目工程投标文件室外总体预算书、从上海市城市建设档案馆调取的原告新建厂房工程各分项工程开工、竣工报告及本案工程分项、分部工程质量竣工验收证明书、单位工程质量监理评估报告、皓月工程变更、签证影响工期一览表及签注单、监理工程通知单、2006年7月24日催款通知、银行承兑汇票、收款凭证承诺书、本案工程各分项工程开工竣工报告、变更、签证影响工期一览表、监理工程通知单、2006年7月24日催款通知、银行承兑汇票、收款凭证承诺书、分项、分部工程质量竣工验收证明书、监理评估报告，某某公司提供的2005年4月16日《建设工程施工合同》、2005年5月8日《施工补充合同》、2005年4月30日会议纪要、2007年3月28日上海建腾建筑工程监理有限公司所发给某某公司的函件、2005年5月8日《施工补充合同》、2007年2月25日某某公司给某某公司的函件以及浙江科佳工程咨询有限公司（以下简称科佳公司）出具的审价书、（2007）金民三(民)初字第X号民事判决书、公证书、监理单位出具的情况说明及监理单位出具的月报表、招投标预算文件、2007年4月20日发给某某公司的函、科佳公司出具的结算书以及电汇凭证、2007年7月17日清单以及2008年3月6日清单、考勤表、二份监理单位倪仁法、夏梦权出具的情况陈述，第三人蒋某某提供监理单位建腾公司倪仁法、夏梦权出具的情况陈述一份，鉴定单位出具的文造咨【2009】司第X号司法鉴定报告、文造咨【2009】司第019-X号司法鉴定报告、沪房鉴【003】证字第201008X号房屋质量检测评定报告、补充说明（附两份附图）等证据证明，上述证据已经庭审出证，并经本院查证属实。
本院认为，本案争议焦点及本院论证情况如下：
一、关于本案工程剩余工程款数额及利息损失问题
就剩余工程款而言，经上文论证，本案工程的总造价为x元，而原告某某公司、被告皓月双方当事人确认至今被告共支付原告工程款x元，由此，某某公司尚欠某某公司的工程款为x元。
就本案工程剩余工程款的利息损失问题而言，某某公司请求某某公司支付以x元为基数，从2007年1月6日起至判决生效日止，按中国人民银行同期贷款利率计算的利息损失；以x元为基数，从2007年2月26日起至判决生效日止，按中国人民银行同期贷款利率计算的利息损失。某某公司不同意向某某公司支付利息损失，认为某某公司的付款条件未具备。本院注意到，《施工补充合同》第3条关于工程款的支付之第5款约定：“本案工程总款待工程竣工验收合格，审计结算后半个月内付至结算工程总造价的70%，余款的三分之一在房产证领出后30天内支付。其余次年按每年三分之一分两年付清（不计算任何利息及相关费用）。保修金按施工合同支付。”由此双方约定的某某公司支付工程款的条件为工程竣工验收合格以及审计结算后半个月内付至结算工程总造价的70%。本案工程固然于2006年10月10日竣工，但是原、被告双方一直未能就本案工程造价进行结算，文汇工程公司于2009年7月10日出具鉴定报告，认定本案工程造价为x元（未包含漏项和增补项部分），于2010年3月30日作出补充鉴定报告，认定关于核算书中室外总体部分预算书中基座坞帮部分增加工程8879元，但是双方当事人至今仍对该司法鉴定报告存在争议。且本院注意到，原、被告双方均确认，截止2007年6月，某某公司已经给付某某公司本案工程款共计x元，已经超过本案工程总造价x元的70%，故某某公司并未违反“审计结算后半个月内付至结算工程总造价的70%”的约定。且由于双方对文汇工程公司就本案工程所作的鉴定报告存在争议，本案工程总造价未最终确定，尚无法准确确定本案工程余款，故某某公司至今未支付剩余工程款余款有其理由，某某公司向某某公司主张剩余工程款的利息损失于法无据。
本院注意到，《施工补充合同》第3条关于工程款的支付之第5款还约定：“…余款的三分之一在房产证领出后30天内支付。其余次年按每年三分之一分两年付清（不计算任何利息及相关费用）…”而经本院查明，本案工程已经于2007年1月23日办理出房产证，2009年7月10日距离2007年1月23日已经超过两年五个月的时间，阻碍某某公司向某某公司支付剩余工程款的条件已经不存在，故一旦确定工程总造价，则某某公司即应向某某公司支付剩余工程款。
二、关于履约保证金问题
依据（2007）金民三（民）初字第X号生效判决的认定以及《施工补充合同》的约定看，本案x元履约保证金中，包含质量保证金以及工期保证金，而本院无法从当事人的约定中分离其金额；且履约保证金的退还是有条件的，某某公司只有在保证工程质量符合规定及工期不延误的前提下有权提出退还请求。同济大学房屋质量检测站对本案厂区房屋进行房屋质量检测所出具的沪房鉴【003】证字第201008X号房屋质量检测评定报告、补充说明（附两份附图）已经确认本案工程存在质量问题。诉讼中，原、被告均确认本案工程存在房屋质量问题，该质量问题至今未作妥善处理。且4月30日会议纪约定竣工日期为2005年11月10日，由于本工程的实际竣工日期为2006年10月10日，故本案确实存在逾期竣工问题，该问题至今未作妥善处理。某某公司在此情况下提出退还履约保证金的条件尚未成就，本院不在本案进行处理，某某公司可在质量问题、逾期竣工问题妥善处理后再提出退还履约保证金请求。
综上所述，本院认为，依法成立的合同，受法律保护。当事人应当按照约定全面履行自己的义务。本案双方当事人就系争工程所签订的一系列施工工程合同，合法有效。系争工程完工后，双方进行了验收移交，某某公司应当支付所欠某某公司的工程款。本案存在工程质量问题、工期延误问题，综合考虑质量问题、工期问题的处理、退还履约保证金的条件等综合因素，本院对原告请求被告退还履约保证金的诉请难以支持，原告可在质量问题、工期延误问题妥善处理后再提出退还履约保证金请求。基于被告申请对反诉请求另案处理，故委托同济大学房屋质量检测站的鉴定费另案处理。据此，依据《中华人民共和国合同法》第四条、第五条、第八条、第六十条、《中华人民共和国民事诉讼法》第十三条、一百二十八条之规定，判决如下：
一、被告上海某某月电容器有限公司于本判决生效之日起十日内支付原告上海某某建设（集团）有限公司工程款x元；
二、驳回原告上海某某建设（集团）有限公司的其它诉讼请求。
如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费收取人民币x元，由原告上海某某建设（集团）有限公司承担x元，被告上海某某月电容器有限公司承担x元。委托上海文汇工程咨询有限公司的鉴定费人民币x元，由原告上海某某建设（集团）有限公司、被告上海某某月电容器有限公司各半负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内,向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第一中级人民法院。
审判长董永强
审判员盛棠丽
代理审判员陈祥华
书记员张燕
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