原告(反诉被告)上海某建设工程有限公司
被告(反诉原告)上海某房地产开发有限公司
原告上海某建设工程有限公司诉被告上海某房地产开发有限公司建设工程合同纠纷一案，本院于2008年9月26日依法受理，因被告提出管辖权异议，2008年11月18日，经上海市第一中级人民法院批复，指定本案由本院管辖。2008年12月10日，反诉原告上海某房地产开发有限公司（以下统一称被告）对反诉被告上海某建设工程有限公司（以下统一称原告）提出反诉。本案依法组成合议庭，于2008年12月10日进行第一次公开开庭审理，原告委托代理人徐某、余某，被告委托代理人蒋某、凌某到庭参加诉讼；于2009年10月15日、11月3日进行第二次、第三次公开开庭审理，原告委托代理人朱某、徐某，被告委托代理人蒋某、凌某到庭参加诉讼；于2009年12月3日进行第四次公开开庭审理，原告委托代理人徐某、余某，被告委托代理人潘某、程某到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告诉称：2006年8月16日，原、被告签订了《上海某物流港一期工程施工合同书》（以下简称施工合同书），由原告承建被告位于某镇X号地块的上海某物流港一期工程。在签订正式合同之前，原告与被告就本案工程曾签订《某物流中心建设工程施工补充协议》（以下简称补充协议一）对物流中心一期、二期工程施工合同一并进行了补充约定。合同签订后，原告按约开始施工。施工期间，被告多次提出工程设计变更的要求，原告按照施工合同约定和被告认可的变更通知进行了施工。2008年1月10日，本案工程通过竣工验收，由建设单位出具了《建设工程竣工验收报告》。同年1月30日，某区建设和交通委员会出具了《建设工程竣工验收备案证书》。工程竣工后，原告即要求被告按照施工合同约定对本案工程进行按实结算，但被告一直未予答复。根据原告的结算，本案一期工程总造价应为131,145,777元，被告已支付8000万元，尚拖欠原告51,145,777元。原告多次催讨被告仍然拒绝支付，且由于施工多次提出变更设计的要求，导致工期被延误，给原告造成重大损失，故起诉请求判令被告支付拖欠的工程款4000万元（以鉴定结论为准），赔偿利息损失1,668,300元，赔偿工期延误损失40万元，并判令被告配合原告在银行设立本案工程质量保证金共同监管帐户，诉讼费由被告负担。诉讼中，原告变更一、二项诉讼请求称，根据审价结果系争工程一期有许多工程项目需留到二期一并计算，故一期造价为9600万元，目前原告共收到一期已付工程款5000万元，故要求被告支付一期拖欠的工程款4600万元，其余工程款在二期项目司法程序中再行主张，对利息损失要求按上浮的惩罚性利率计算支付，从2008年1月10日至判决生效之日止。
被告答辩并反诉称：原、被告在2006年6月16日签订补充协议一，约定了工程总承包的范围及不在承包范围内的工程，工程总造价为人民币2.5亿元，最后以全部工程竣工验收结算，双方确认的总造价为准。同时双方约定，按照协议第六条B款三种付款方案其中一种结算，工程总造价下浮9%。双方约定的付款方式为自乙方(指原告，下同)进场施工至全部基础±00时，甲方(指被告，下同)每月按乙方实际完成工程量支付65%的工程进度款给乙方（工程量依监理方计算为准）。工程竣工验收合格并办领大产权证出来二个月再付25%，即总共付至90%。工程结算完毕并经双方确认结算金额以后付至97%，余下总造价的3%作为工程保修金。协议约定总工期为330天日历天，至竣工验收合格及整套施工资料递交甲方之日止，每延误一天，乙方愿意赔偿5万元给甲方作为延误竣工时间的损失补偿。2007年8月21日原、被告又签订《某物流中心施工补充协议》（以下简称补充协议二），约定乙方施工的土建工程经某区有关质检部门竣工验收合格通过并领取竣工验收合格报告后，2个月内支付第二期应付工程款的16%(原合同第二期应付款为25%，因乙方提出要求下浮9%在第二期付款中一次性下浮，所以第二期工程款为16%)。因此，被告根据原告的施工进度进行付款，至2008年5月已累计支付了工程款16,520万元，向总承包范围内的各分项部门支付费用3523万元，共计人民币20,043万元，付款总额达合同约定总造价的80.17%，故不存在拖欠工程款的情况。按照补充协议二竣工时间双方重新确认为2007年11月30日。2008年1月，原告为解决民工春节过年，故请求被告提前预付工程进度款，为此承诺提前办理《建设工程竣工验收备案证书》，并为应付办理上述证书而出具了相关的竣工资料。后工程相继通过各单项验收，但2008年8月5日人防设施验收未合格，直至2008年9月18日工程才初步完工，并由原、被告、监理单位、物业单位组织相关人员进行竣工验收，由于存在质量问题，故验收未合格，有关项目至今未验收合格，导致整个工程无法通过竣工验收，故原告承建的工程至今未通过竣工验收合格，原告的起诉缺乏依据。被告同意原告提出的将目前的工程进行造价鉴定，并以鉴定结果作为结算工程款的依据。同时由于原告施工存在质量问题，故依法应预留5%的质量保证金，请求依法驳回原告的诉讼请求，同时由于原告迟延竣工，导致被告无法按期向购房业主交付房屋，给被告造成了重大的经济损失，故反诉请求判令原告向被告支付工程延期违约金暂计1880万元(自2007年11月30日暂计至2008年12月10日，并计算至判决生效之日)。2009年12月3日，被告又提供补充答辩意见称，施工合同书明确了工程总价款，应以此为基础来确定工程总造价，无需另做工程造价鉴定，原告总承包工程中的部分工程另由他人施工，扣除后工程总造价为143,979,139元，被告已支付16,520万元，超出了工程总造价，原告无权主张超出工程进度款的其他部分工程款。
针对被告的反诉，原告辩称，工程竣工并已验收，由被告签字盖章，事实上工程已经交付使用，故也能证明工程已经竣工验收，部分工程工期的延误是由被告的原因造成的，故请求驳回被告的反诉请求。
原告为证明其主张，向本院提供了以下证据：1、2006年8月16日原、被告签订的施工合同书，证明由原告承建被告位于某区X镇X号地块的上海某物流港一期工程；2、原、被告于2006年6月16日签订的补充协议一，证明原、被告对某物流中心一期、二期工程施工合同一并进行了补充约定；3、建设工程竣工验收报告，证明2008年1月10日本案工程已经正式竣工；4、建设工程竣工验收备案证书，证明本案工程通过竣工验收并于2008年1月30日经相关行政管理部门备案；5、工程结算书，证明根据原告的结算，本案一期工程总造价应为131,145,777元；6、被告已付款明细及凭证，证明被告的付款金额；7、工程设计变更通知，证明在约定竣工日期后，被告仍在要求原告进行设计变更，造成原告工期延长；8、损失清单，证明因被告原因，造成原告工期延误损失；9、原、被告、监理单位盖章的《证明》，证明备案系真实的；10、照片，证明2008年5月30日某物流中心举行交付仪式；11、《某房产影响工期统计表》及联系函、会议纪要等一组，证明由于被告的原因造成工期延误；12、上海市建设工程施工中标通知书一份，证明涉诉工程按有关规定进行了招投标。
经质证，被告对原告提供的证据1-7的真实性无异议，对证据3、4认为是为了提前取得工程款而提前办理的；对证据8有异议，认为损失系由原告自己造成；对证据9的真实性无异议，但认为是为了解决工人工资款而提前办理的；对证据10真实性无异议，但认为系由于部分业主闹事，故举行交付仪式，并非实际交付；对证据11中的会议纪要无异议，但对通知有异议，认为系原告单方发出的，也不认可系由于被告的原因造成工期延误；对证据12的真实性无异议，但认为仅为了备案而用，并未进行招投标的程序。
被告为证明其答辩主张和反诉请求，向本院提供以下证据：1、施工合同书；2、补充协议一；3、补充协议二，上述三证据同原告提交，证明内容略；4、工程款支付清单及凭证，证明被告向原告支付工程款的时间、金额；5、工程进度表，证明被告按工程进度支付工程款；4-5主要证明被告已经按照合同约定的进度支付工程款；6、监理工作联系单，证明监理单位在施工过程中向原告发出的工程施工联系函;7、监理工程师通知单，证明监理单位在施工过程中针对施工存在的质量问题向原告发出的通知函；8、建设监理月报，证明监理单位按月出具的工作报告及工作小结；9、通知，证明被告向原告出具通知函，要求被告尽快施工并准备竣工验收；10、某物流港工程竣工验收会议纪要，证明2008年9月18日，工程进行竣工验收，因存在质量问题，验收未合格；11、证明，12、上海市外来从业人员综合保险费、管理费缴纳通知单，证明2008年7月19日原告来函要求被告支付2008年5月的社会保险费用；6-12主要证明原告未按照合同约定的竣工时间完工，至今仍未竣工验收合格；13、借据，证明2008年1月23日原告向被告借款用于支付民工工资；14、承诺书，证明2008年1月16日，原告承认工程未完工，相关竣工资料是为办理验收备案所出具，1月17日，监理单位针对原告的说明出具证明，并说明提前竣工验收备案的原因；15、给某区建筑管理署的函，证明2008年1月17日，被告向某区建筑管理署作出说明，为解决民工工资，提前验收备案以向银行贷款，工程实际并未竣工，为此被告支付30万元的保证金；16、给某区建筑管理署的承诺函，证明2008年1月17日被告向某区建筑管理署承诺，由于未取得消防验收合格报告，保证不予使用；13-16证明提前办理《建设工程竣工验收备案证书》的原因，及因此所出具的相关资料并非真实，同时证明工程并未实际竣工；17、2008年9月8日特快专递邮件资料回复函，证明2008年9月10日被告针对原告于2008年9月8日邮寄的结算书提出回复意见；18、关于2008年9月10日特快专递邮件资料回复函，证明2008年9月22日，原告对被告要求其提供完整结算资料的意见提出异议；17-18证明原告延期竣工，同时原告从未按规定向被告提出结算请求；19、造价报告书，证明被告自行委托的审价公司出具的造价报告，原告自行结算的金额与实际造价差距很大，原告起诉的标的没有依据；20、某物流中心项目部分工程合同表，21、部分分包项目合同及支付凭证，证明部分专业工程的分包合同、其他分包合同及相关的支付情况；20-21证明由于原告施工延期，被告将部分工程另行分包给其他单位进行施工；22、联系函、洽商工作联系单及通知等，证明由于原告工期拖延，在保证工程质量的情况下，征求设计单位同意减少工程量进行施工，并通知原告；23、建设工程质量保证金管理暂行办法(该项属部门规章，剔除)；24、某物流港工程屋面楼板裂缝、渗水会议纪要，证明由于原告施工不规范，导致工程出现质量问题；25、屋面板、内隔墙裂缝补救方案，证明原告针对工程存在的质量问题提出的整改意见；26、照片一组，证明多处房屋楼板出现裂缝的照片；24－26证明原告施工的工程存在很多质量问题；27、被告已支付的相关费用清单、发票，证明被告代原告支付的相关费用的清单、发票、合同等，九三定额中规定由原告支付的相关费用，被告已代为支付，应当从工程款中扣减；28、会谈洽商确认纪要，证明原、被告及监理单位于2007年6月25日在会议中对合同内容所作的变更，因原告要求被告超额支付进度款，故提前向某区质监站备案；29、关于原告《某房产影响工期统计表》的被告的书面回复及项目工作联系函、累计完成工程量等一组，证明原告所主张工期延误的原因是虚构的，逾期竣工的责任在原告；30、人民币借款合同，证明被告为本工程向中国银行贷款的事实，被告按照补充合同的约定向银行贷款，双方约定在此条件下，工程造价应下浮9%；31、工程进度表及汇总表，证明被告每月按合同约定的进度支付工程进度款；32、付款凭证清单，证明被告支付工程款的金额及时间，31-32证明被告按照补充合同的约定支付工程款，同时在该支付方式下，工程造价应下浮9%；33、结算造价书，证明原告所提交给被告及审价部门的一部分结算造价报告，原告始终承认工程造价下浮9%；34、工程一切险发票、外来人员综合保险费票据、工程资料编制费发票，证明被告已经支付了包含在开办费项下的部分款项；35、关于安全防护、文明措施费的相关政策及规定(该项属规范性文件，剔除)；36、开工报告一组，证明一期工程的具体开工时间；37、建设用地规划许可证、建筑工程施工许可证、上海市房地产权证、建设用地批准书、某区规划管理局《关于核发上海某物流港建设用地规划许可证的通知》，证明本案系争工程的规划、开发、施工等行为合法；38、上海市建设工程施工项目非招标发包登记表，证明本案系争工程经主管部门备案，为非招标的工程;39、工程款支付清单，证明被告支付一期工程款的金额(该证据被告提交后，在最后一次庭审中表示撤回)；40、消防验收单，证明2008年4月30日完成消防验收，以证明竣工验收系提前办理。
经质证，原告对被告提供的证据1-3的真实性无异议；对证据4-12的真实性无异议，但认为缺乏关联性；对证据13-16的真实性无异议，但认为不能证明工程未竣工验收，被告所说提前办理备案手续的原因没有证据证明；对证据17、18的真实性无异议，但认为不能证明工程未竣工验收，而只能证明原告已经向被告提交了竣工验收单；对证据19的真实性与关联性均有异议；对证据20、21的真实性有异议，认为不能证明工期延误，即便延误的话亦为被告分包的分包人承担；对证据22的真实性无异议，但对关联性有异议；对证据23认为不能作为证据；对证据24-26的真实性无异议，但不同意被告的证明目的；对证据27表示不予认可；对证据28的真实性无异议，但对关联性有异议；对证据29认为不能作为证据；对证据30的真实性有异议；对证据31、32的真实性无异议，但对关联性有异议；对证据33的真实性无异议，但认为结算书的时间并非最终结算，是因被告的要求结算的，最终的结算在此时间之后；对证据34的关联性有异议；对证据35认为并非证据；对证据36、37、38的真实性无异议，但认为证据38不能证明原告的证明目的，本案工程系经过备案的招投标工程；对证据40的真实性无异议，但认为与本案无关，消防是交付使用的依据，工程竣工验收不以消防验收为准，也不能说明工程系2008年4月30日竣工。
经审核原、被告所提供的证据，根据双方的质证意见，对原、被告互相无异议的证据本院予以确认。根据双方的质证意见，本院对与证据相关的争议焦点作认证意见如下：
1、开工日期的认定问题。
原告确认开工日期为2006年8月23日，依据是开工报告确定的日期。被告提供了开工报告作为证据，并予以证明开工日期，此后最后一次庭审中被告又表示开工日期以每一幢楼的实际开工日期作为开工日期，对此本院不予采信。由于有开工报告作为证据，故开工日期应以开工报告所定日期为准，为2006年8月23日。
2、竣工日期的认定问题。
原、被告关于竣工日期争议相当大，原告认为竣工日期为2007年11月，但可以《建设工程竣工验收备案证书》上载明的日期为准，即2008年1月30日。被告则认为涉案工程至今未竣工，认为2008年1月16日被告某物流港项目部出具了承诺书，“工程竣工资料办完后，所有1#-37#楼(包括道路工程)，现工程未完成的，待工程竣工后，按国家法律、法规组织有关单位正式验收，(现盖章的开工报告、竣工报告、竣工图)所有一切资料是应付办理工程验收用。”后工程相继通过各单项验收，但2008年8月5日人防设施验收未合格，直至2008年9月18日工程才初步完工，并由原、被告、监理单位、物业单位组织相关人员进行竣工验收，由于存在质量问题，故验收未合格，有关项目至今未验收合格，导致整个工程无法通过竣工验收。
本院认为，根据原告提供的证据9，2008年3月28日原告、被告、监理单位共同出具给某区建设工程质量监督站的证明中记载，“有上海某建设工程有限公司施工的某物流港工程已全部竣工，质量要求符合验收规范要求”；涉诉一期工程的房地产权证已经于2008年5月20日登记；证据表明于2008年5月30日举行交付仪式。综合以上情况，按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条，“当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：(一)建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期；(二)承包人已经提交竣工验收报告，发包人拖延验收的，以承包人提交验收报告之日为竣工日期；(三)建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。”尽管被告提供承诺书作为证据，但竣工验收报告和备案证书具有法律效力，承诺书不具有否定效力，因此被告主张工程至今未竣工的意见本院不予采信。原告主张竣工时间为2007年11月，缺乏相应的事实依据，本院不予采信。竣工验收报告载明的验收日期为2008年1月10日，应以该日期作为竣工日期，原告主张按备案证书日期2008年1月30日作为竣工日期，并未超过合理范围。
根据以上采信的证据及当事人的当庭陈述，本院确认以下事实：
原、被告在2006年6月16日签订《某物流中心建设工程施工补充协议》，约定由原告承建被告位于某区X镇的某物流中心工程，工程总承包范围包括土建工程、给排水工程、室内电气安装、消防、弱电及本工程所有系统的管线、铁件及预留洞等均按图预埋及预留、消防系统、通风系统(包括人防通风)、道路工程与绿化工程。工程总造价为人民币2.5亿元，最后以全部工程竣工验收结算，双方确认的总造价为准。取费依据为上海市建筑工程综合预算定额1993版。关于工程结算方案与付款方式，协议约定，如按照第六条B款第1项由乙方(指原告，下同)全程操作，甲方(指被告，下同)配合，向银行办理项目贷款人民币1.5亿元。约定的付款方式为自乙方进场施工至全部基础±00时，甲方每月按乙方实际完成工程量支付65%的工程进度款给乙方，直至工程竣工验收合格为止，剩余35%的工程款待工程竣工验收合格并办领大产权证出来二个月内再付25%，即总共付至90%，工程结算完毕并经双方签字确认结算金额以后付至97%，余下总造价的3%作为工程保修金。关于工期，合同约定总工期为330天日历天，自2006年7月10日起算，如施工许可证超过2006年7月31日领取，开工日期则顺延，至竣工验收合格及整套施工资料递交甲方之日止，但由于工程质量或施工资料欠缺等原因未达到竣工验收条件，则至乙方整改完成达到竣工之日止。每延误一天，乙方愿意赔偿5万元给甲方作为延误竣工时间的损失补偿。
2006年8月16日，原、被告签订了《上海某物流港一期工程施工合同书》，该合同经建设工程招投标管理办公室备案。合同规定由原告承建被告位于某区X镇X号地块的上海某物流港一期工程。合同价款为87,234,054元，采用固定单价计价方式。合同工期总日历天数为330天，开工日期为2006年8月28日(具体以发包人签发的开工令为准)，竣工日期为2007年7月27日。承包范围为土建施工、水电安装。合同专用条款第23条规定，本合同价款采用固定单价计价方式确定，采用固定单价计价方式的，合同单价的调整方法：设计变更、甲方要求变更设计、增加项目数量，经由双方确认后计算结算工程造价。合同金额超过0.02%时，单价可作调整。关于预付款、工程款(进度款)支付，规定发包人在开工前预付25%工程款，基础完成后付15%，结构完成后付30%，工程竣工验收合格后付25%。保留金的提留比例为5%(保质期一年)。
2007年8月21日，原、被告又签订《某物流中心施工补充协议》，约定某物流中心土建工程项目竣工时间重新确认为2007年11月30日。因原告提出26#、9#楼有可能工期延长至2007年12月，但最迟不会超过2007年12月30日。室内外消防工程、屋顶钢结构工程由甲方单独发包给具有该工程相应资质的施工企业施工，乙方收取消防工程的配合费、管理费、营业税、企业所得税等合计150万元，钢结构工程的配合费、管理费及税金等合计80万元。
2006年8月23日，该工程正式开工(以相应的开工报告为准)。一期工程的楼号为第14#-28#楼、第35#-36#楼，并与二期工程一起施工。此后，原告提出一期工程结算书，要求按实结算。2008年1月10日，被告对一期工程出具《建设工程竣工验收报告》，同年1月30日，某区建设和交通委员会颁发了《建设工程竣工验收备案证书》。嗣后，双方因工程价款的结算问题，几经交涉未果，原告遂起诉来院。
诉讼中，本院委托上海某工程造价咨询有限公司对原告承建的上海某物流港一期工程的工程价款进行司法鉴定。经鉴定，该一期工程的造价为92,877,922元(未扣下浮9%的因素)，造价下浮9%的费用为8,402,236元。未计入工程鉴定造价中(双方有异议单列的费用)为359,981元(包括被告支付的毛石路工程款118,552元、围墙工程款5,303.5元、道路工程款196,125元、购买建筑垃圾费40,000元，合计359,981元)。未计入2.50%的安全防护、文明施工措施费，不包括9%在内的费用为2,111,892元，单独9%的费用为210,056元，包括9%合计为2,321,948元。鉴定报告另未包括的造价：1、二期地下车库部分的造价；2、一期工程、二期工程室外总体部分的造价；3、一期工程、二期工程签证部分的造价；4、该鉴定造价按定额含量做为甲供材扣除，未包括外墙面砖(甲供)余缺自负的费用；5、水、电的费用。
本院认为，本案原、被告之间因建设工程施工合同所引起的纠纷，其争议焦点主要在：
一、关于工程款结算依据的问题。
原告认为，2006年8月被告通过招标，最终确定原告为某物流港工程的中标人，原告于2006年8月17日取得了《上海市建设工程中标(交易成交)通知书》，此后双方签订了施工合同书，该合同向建设主管部门进行了备案，应当以该份合同为准作为结算工程款的依据。而补充协议一和补充协议二均没有经过主管部门备案，竣工结算应以经过备案的合同进行结算，补充协议约定下浮9%是无效的，原告在实际履行中也未下浮9%，原告在竣工验收后报送给被告的结算书中也没有下浮9%。被告则认为，涉诉工程为不需要经过公开招投标并且备案的合同，未进行招投标，属直接发包的合同，故应以双方所签订的补充协议为准进行结算，即应当在总造价的基础上下浮9%。在最后一次庭审中，被告提交了补充答辩意见，则认为应按施工合同书的规定采用固定单价。
本院认为，本案中，原、被告签订了施工合同书，并且向有关部门进行了备案，从形式上看，该份合同有《上海市建设工程中标(交易成交)通知书》，即按照招投标的程序规定进行交易并确认成交，故具备了备案合同的要件，该合同属于中标合同。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算价款的根据”。该施工合同书与二份补充协议所约定的合同价款不一致，属于与中标合同的实质性内容不一致的情形，故按上述规定应当以施工合同书作为结算的依据。由于该施工合同书并无关于下浮9%的规定，故被告关于应当按补充协议的规定下浮9%的意见，本院不予采信。
二、关于采用固定单价计价还是按定额计价问题
本案审理中，双方均同意并配合将涉诉工程委托相关鉴定机构作工程造价司法鉴定，本院遂委托上海某工程造价咨询有限公司进行审价鉴定。庭审中，原告表示原则上同意审价结果，而被告表示除对下浮9%表示由法院定，审价机构无法确认的费用应不予计算，安全防护、文明施工措施费不能在工程款外计取外，并未对审价报告采用九三定额进行审价鉴定表示异议，但最后一次庭审中，被告改变意见，认为按照施工合同书约定应当为固定单价合同，并表示不同意审价结果。
本院认为，首先，按照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条的规定，“因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。”其次，按照原、被告签订的施工合同书，规定了采用固定单价计价方式。该合同条款同时规定了合同单价的调整方法：“设计变更、甲方要求变更设计、增加项目数量，经由双方确认后计算结算工程造价。”“合同金额超过0.02%时，单价可作调整。”根据上述规定，本案涉诉一期工程的审价鉴定金额为92,877,922元，而施工合同书规定的固定单价则为87,234,054元，故早已超过0.02%的单价调整比例，因此，涉诉工程以九三定额作为计价依据，采用司法审价方法确定工程价款，具有法律和合同依据，并无不当。
三、工程造价鉴定中的问题。
1、钢筋混凝土管桩接桩费用问题。原告认为根据九三定额“钢Bx管桩需接桩时，另按接头个数套用相应定额计算”，尽管九三定额没有对应子目，但《上海市建筑和装饰工程预算定额(2000)》及《上海市市政工程预算定额(2000)》中已有对应的定额子目，故原告认为钢筋混凝土管桩接桩费用应予计取。本院认为，对此鉴定报告认为，根据九三定额规定及相关定额解释，在鉴证报告中已扣除该部分费用。本院同意上述看法，原告所提出的异议，缺乏事实和相关的依据，本院不予采信。
2、被告提出的代付费用扣除问题。被告提出由被告支付的毛石路工程款118,552元、围墙工程款5,303.5元、道路工程款196,125元、购买建筑垃圾费40,000元，合计359,981元，该四项费用与原告施工项目有关，都是被告为原告所支付的费用，与三通一平无关，应由原告承担。原告认为这四项费用与原告施工项目无关，是被告应做的前期费用，如围墙、道路等都是三通一平范围内工程。本院认为，上述费用不属于施工方所须承担施工任务必须具备的先决条件，亦不属施工工具或施工基本设施等范围，按理应由建设方承担，被告提出由原告承担，缺乏依据，本院不予采信。
3、安全防护、文明施工措施费问题。原告认为根据2007年5月23日监理工程师通知单，要求原、被告双方执行沪建交［2006］X号《关于上海市建设工程安全防护、文明施工措施费用管理暂行规定》通知的精神，工程造价中未计开办费，故相当于未收取过安全施工、文明施工措施费，要求计取。而被告则认为按沪建市管［2006］X号文规定：安全防护、文明施工措施费从2007年11月1日起执行，当时该工程已基本完成，故不存在这一说法。关于“2007年5月累计完成工程量”报表中的“2.50%安文措施费”项，是在工程施工过程中，应某区质量监察部门要求所写，且九三定额的其他直接费中已包含了大部分安文措施费的内容，不应当重复计费。本院认为，按照沪建交［2006］X号《上海市建设交通委员会关于印发<上海市建设工程安全防护、文明施工措施费用管理暂行规定>的通知》和沪建建管［2007］X号《关于建设工程安全防护、文明施工措施费用监督管理若干事项的通知》等文件的精神，建设单位、设计单位在编制工程概预算时，应当合理确定工程安全防护、文明施工措施费。采用各类定额计价的工程，以及采用其他计价方式的工程或非招标发包项目，安全防护、文明施工措施费用不得低于工程总造价的2％。X号文从2006年10月1日起执行，而本案涉诉工程开工于2006年8月23日，施工主要时间在上述规定施行日后。按照2007年5月23日监理工程师通知单，要求原、被告予以落实，在2007年5月累计完成工程量清单上，被告工作人员写明2.5%的安文设施费，在2007年6月工程进度表中均列明安文设施费。在原、被告双方的工程计价中，也未收取过开办费。故综合上述因素，本院认为在整个工程价款的计价中，应当计取该笔费用。
四、关于工程付款问题。
在施工合同履行过程中，原、被告在支付工程款项时未区分一期工程和二期工程。原告认为，一期的楼号为第14#-28#、第35#-36#，根据双方在2007年5月共同确认的工程量，原告完成的总工程量为137,256,030.4元，其中一期完成的工程量为64,661,800元，二期完成的工程量为72,594,230.4元。此时被告的付款总金额合计8700万元，付款比例约为63%。对照一期的工程量，按照63%的付款比例，被告应付4073万元，但被告实际支付4000万元，一期的审价金额为92,877,922元，在2007年5月后增加的工程量为28,216,122元，然被告实际后来仅支付2007年6月8日500万元和2007年11月14日500万元，故原告实际收到的一期工程款为5000万元。被告则先提交了被告支付的工程款及一期和二期的区分的清单，但后又表示撤回该证据，理由是一期和二期无法区分。本院认为，本案被告所支付的工程款未区分一期和二期，但由于涉诉工程一期和二期纠纷因在法院和仲裁机关分别处理，因此事实上涉及到需要将一期和二期的工程款予以区分的问题，鉴于被告撤回其区分一期和二期的依据，本院经审核原告所提交的依据，该区分原则具有一定的事实基础，同时也有利于解决纠纷，本院予以采信。鉴于一期中支付了5000万元，对于其余被告所付款项，均计入二期，留下部分在二期中一并处理。
五、关于原告的其余诉讼请求问题。
原告要求被告支付从2008年1月10日至判决生效之日的利息。本院认为，根据规定，利息从应付工程价款之日计付。建设工程已实际交付的，为交付之日；没有交付的，为提交竣工结算文件之日。本案中，原告要求从2008年1月10日起计算，依据不足，本院不予支持。尽管原、被告双方明确的交付手续未办理，但原告提交了2008年5月30日举行某物流中心交付仪式的照片，本院酌情从次日起算利息。关于原告要求按照上浮的惩罚性利率计付利息，缺乏依据，本院难以支持。另外，原告请求被告赔偿工期延误损失40万元，未提供足够依据，本院难以支持。原告要求判令被告配合原告在银行设立本案工程质量保证金共同监管账户，不属本院处理的范围，故不作处理。
六、关于被告的反诉问题。
被告要求原告按照补充协议一和补充协议二的规定，从2007年11月30日起至判决生效之日按每天5万元计算工期延误违约金。关于被告是否延误工期问题。按照施工合同书通用条款第14.2条的规定，因承包人原因不能按照协议书约定的竣工日期或工程师同意顺延的工期竣工的，承包人承担违约责任。按专用条款第35.2条的规定，迟延工期，按合同造价的万分之二/天计取罚金。关于顺延工期问题，施工合同书通用条款第13条中规定了可以顺延工期的情形，包括因设计变更和工程量增加，发包人未能按专用条款的约定提供图纸及开工条件，发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行等情形。本院认为，施工过程中因发包人拖欠工程预付款、进度款、变更设计足以造成工程停工、窝工，或因不可抗力因素等原因造成工程停工的，工期可以相应顺延。按照补充协议二的规定，合同竣工日期重新确认为2007年11月30日，同时合同约定，因乙方提出26#、9#楼有可能工期延长至2007年12月，但最迟不会超过2007年12月30日。根据本案的实际情况，考虑到本案中出现了设计变更，工程部分项目交给其他分包单位施工等情况，本院酌情确定原告整体上顺延工期一个月，至2007年12月30日，出具竣工验收报告的日期为2008年1月10日计算，则原告拖延工期10天，按照鉴定造价92,877,922元加上2.5%的安全防护、文明施工措施费2,321,948元，按照施工合同书约定的每日万分之二计算10天违约金为190,399.74元。
据此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十八条及《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百零九条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条第(一)项、第十七条、第十八条第(一)项、第二十一条之规定，判决如下：
一、本诉被告上海某房地产开发有限公司应于本判决生效之日起十日内支付本诉原告上海某建设工程有限公司工程款人民币45,199,870元；
二、本诉被告上海某房地产开发有限公司应于本判决生效之日起十日内偿付本诉原告上海某建设工程有限公司利息损失，计算方法，以45,199,870元为基数，按中国人民银行同期贷款利率计算，从2008年5月31日计算至本判决生效之日止；
三、驳回本诉原告上海某建设工程有限公司的其余诉讼请求；
四、反诉被告上海某建设工程有限公司应于本判决生效之日起十日内给付反诉原告上海某房地产开发有限公司延误工期违约金人民币190,399.74元；
五、驳回反诉原告上海某房地产开发有限公司的其余诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本案本诉案件受理费人民币312,070元，由本诉被告上海某房地产开发有限公司负担296,050元，本诉原告上海某建设工程有限公司负担16,020元；财产保全费5000元，由本诉被告上海某房地产开发有限公司负担；反诉案件受理费129,800元，由反诉被告上海某建设工程有限公司负担4108元，反诉原告上海某房地产开发有限公司负担125,692元；司法审计费535,000元(其中本诉原告已预交280,000元，本诉被告已预交255,000元)，由本诉原告上海某建设工程有限公司和本诉被告上海某房地产开发有限公司各半负担；本诉被告和反诉被告所负担的受理费和财产保全费，本诉被告所负担的司法审计费差额12,500元，应于本判决生效之日起七日内缴纳本院。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第一中级人民法院。
审判长朱炜
审判员董永强
代理审判员唐军花
书记员张燕
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